Afyonkarahisar'da sığır, manda, koyun ve keçilerde bulunan echinococcus granulosus izolatlarının moleküler karakterizasyonu

Bu çalışma Mart 2010-Nisan 2012 tarihleri arasında Afyonkarahisar yöresindeki sığır, manda, koyun ve keçilerde bulunan Echinococcus granulosus kistlerinin genotiplerinin belirlenmesi amacıyla Afyonkarahisar (Merkez), Emirdağ, Bolvadin, Şuhut, İhsaniye ve Dinar ilçelerinde yürütülmüştür. Çalışma süresince hidatik kistle enfekte 65 keçi, 71 koyun, 119 sığır ve 3 manda olmak üzere toplam 258 hayvanın iç organlarından kistler toplanmıştır. Enfekte hayvanlardaki Echinococcus granulosus genotiplerini belirlemek amacıyla kistlerden çıkarılan germinal membran ve protoskolekslerden DNA izolasyonu yapılmıştır. 78 kistten (30 keçi, 26 koyun, 19 sığır ve 3 manda) DNA elde edilmiştir. Elde edilen DNA'larınnd1 gen bölgesinin Hin6I ve StuI restriksiyon enzimleri kullanılarak PCR-RFLP yapılmıştır. Tüm izolatlarda bir farklılık olmadığı gözlenmiştir. Bu çalışmada cox1 gen bölgesi analizi sonucunda sığır, manda, koyun ve keçilerden elde edilen izolatların tümünde evcil koyun suşu olarak bilinen G1 suşu ve 18 farklı haplotip bulunduğu görülmüştür. Buna göre Afyonkarahisar ili ve ilçelerindeki keçilerde en fazla haplotip TR_AF005 (%33.3) ile TR_AF001 TR_AF003 (%20), koyunlarda TR_AF001 (%73.1), sığırlarda TR_AF001 (%21.1) ve mandalarda da TR_AF013 (%100) bulunmuştur. Bu araştırmadaki toplam 77 örneğin ITS1 gen bölgesinin dizileme analizi sonucunda 462 bç uzunluğunda DNA dizisi elde edilmiştir. Bu DNA dizilerinde 16 baz çiftinde farklılık olduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak; Afyonkarahisar Yöresinde sığır, manda, koyun ve keçilerde bulunan izolatların nd1, cox1 ve its1 genlerindeyapılan genetik analizler sonucunda tüm izolatların G1 suşu olduğu belirlenmiştir. Bu izolatların içerisinde TR_AF001 haplotipinin incelenen hayvan türlerinde daha fazla enfeksiyona sebep olduğu bulunmuştur. Mitokondriyal gen bölgelerinde nükleer DNA'ya göre daha fazla mutasyonun olması mitokondride tamir mekanizmasının bulunmamasıyla açıklanabilir. Hastalığın kontrolünde daha etkili stratejilerin geliştirilmesi, bölgesel ve ulusal düzeyde yapılması gerekli olan eradikasyon, aşı ve ilaç geliştirme çalışmalarında bu noktanın göz önüne alınmasında yarar bulunmaktadır.