Whole genome alignment via alternating lyndon factorization tree traversal

Tüm Genom Hizalama Problemi (WGA), ̈ozellikle pangenom oluşturma bağlamında genomik alanında önemli bir zorluktur. Burada, düğümlerinde hem mekansal hem de alfabetik bilgileri bir araya getiren yeni bir indeksleme yapısı olan Almaşık Lyndon Faktörizasyon Ağacı (ALFAğacı) öneriyoruz. ALFAğacı, büyük DNA dizileri hakkında bilgi depolamak ve geri almak için etkili bir araçtır. Belirli bir DNA dizisinden ALFAğacını oluşturmak için Idoneous adını verdiğimiz bir algoritma sunuyoruz. Algoritma, belirli boyutlardaki aralıkları oluşturarak, bu aralıklar içinde eşleşmeleri belirleyerek ve hizalama işlemleri aracılığıyla bir doğrulama kontrolü gerçekleştirerek çalışır. Algoritma verimli ve ölçeklenebilir olduğundan, WGA için değerli bir araçtır. ALFAğacının önemli özellikleri şunlardır: 1) büyük DNA dizilerini depolamak için kompakt ve verimli bir veri yapısı; 2) belirli bir DNA dizisinin belli bölgeleri hakkında bilgiyi etkili bir şekilde geri alabilme; 3) hem mekansal hem de alfabetik bilgilere uyum sağlama yeteneği; ve 4) büyük DNA dizilerine ölçeklenebilme. Farklı genomlardaki deneysel sonuçlarımız, parametre seçimlerinin kapsama ve benzerlik üzerindeki etkilerini vurgulamaktadır. Idoneous, kapsama açısından rekabetçi bir performans sergilemekte ve farklı hizalama senaryoları için hassasiyet ve özgüllük ayarlamasında esneklik sağlamaktadır. ALFAğacı, WGA algoritmalarının performansını önemli ölçüde artırma potansiyeline sahiptir. ALFAğacının genomik alanına değerli bir katkı olduğuna inanıyor ve araştırmacıların keşif hızını hızlandırmak için kullanmasını umuyoruz.