Computational design of a peptide inhibitor for amyloid beta (Aß) aggregation in alzheimer's disease

En yaygın demans türü olan Alzheimer Hastalığı nörodejenaratif özellik gösterir ve tedavisi mümkün değildir. ß-sheet dizilimi ile oluşan amyloid proteinlerinin yüzeylerindeki girinti ve çıkıntılar birbirlerini tamamlayıcı özellik gösterir ve bu uyum Alzheimer Hastalığının ilişkili olduğu amyloid fibrillerinin sıkı bağlanmasına neden olur. İki amyloid proteinin yüzeyindeki uyumu sağlayan temel faktör GxMxG motifidir. Bu nedenle bu motif amyloid birikime karşı geliştirilecek ilaçlar için önemli bir hedeftir. Bu çalışmada, Aß40 fibrillerine bağlanan belli peptidler amino asit gruplarına göre değiştirilmiş ve küçük bir peptid kütüphanesi elde edilmiştir. Yüzeye GxMxG motifi aracılığı ile bağlanan peptid dizileri GOLD isimli docking programı ile belirlenmiştir. Yüksek skora sahip ve MET35 civarına bağlanan peptid seçilmiştir. Seçilen peptid ile kaynak alınan peptidin bağlanma serbest enerjileri, Jarzynski eşitliği kullanılarak, Steered Moleküler Dinamik yöntemi ile hesaplanmıştır.