Antalya ilinde doğal konukçuları üzerinden dayanıklılığı kıran tomato spotted wilt virus (TSWV-RB) izolatlarınınbelirlenmesi ve moleküler karakterizasyonu

Tez çalışması Antalya ilinde sahil (Serik) ve yayla bölgesi (Elmalı) olmak üzere bir biber ve bir domates serasında yürütülmüştür. Sörvey alanlarında kültür bitkileri ve yabancı otlardan örneklemeler yapılmış ve Tomato spotted wilt virus (TSWV, Domates Lekeli Solgunluk Virüsü)'nün biyolojik, serolojik (DAS-ELISA testi) ve moleküler testler (RT-PCR, qRT-PCR) ile varlığı, yaygınlığı ve ırkları araştırılarak dayanıklılığı kıran izolat için tarama yapılmıştır. Toplamda 270 adet yabancı ot ve 112 adet farklı bitki türü (domates, biber, patlıcan, marul, fasulye, mısır, bamya, pazı, maydanoz) test edilmiştir. Serolojik çalışmalar sonucunda virüs ile enfekteli bulunan bazı yabancı otların yapraklarında mozaik, klorotik lekeler, sararma, şekil bozukluğu, bodurluk ve tripslerin beslenme izleri gibi çeşitli belirtiler gözlemlenirken, bazı enfekteli yabancı otlarda herhangi bir belirtiye rastlanılmamıştır. Testlenen 39 yabancı ot türünden 19 tanesi hastalıkla bulaşık bulunmuştur, bu türler arasında en yüksek bulaşıklılık oranı Asteraceae familyasında ve Sonchus asper (L.) türünde saptanmış ve sırasıyla Poaceae ve Solanaceae familyaları takip etmiştir. Çalışma esnasında tasarlanan ve virüsün medium segmentindeki nokta mutasyonu saptayabilen özel primer çifti ve domateste dayanıklılığı kırmayan izolat (TSWV-NRB) kullanılarak yapılan qRT-PCR ve melt-curve analizi sonucunda enfekteli yabancı otlarda virüsün ırkı belirlenmiştir. İzolatların karşılaştırılması sonucunda iki farklı Tm değeri saptanmış olup bu bulgular sekans verileri ile teyit edildikten sonra kullanılan kit, protokol ve primerlerin Sw-5 dayanıklılığını kıran izolatların belirlenmesinde sekans hizmetine gerek duymaksızın hızlı ve güvenilir bir tanı kiti oluşturduğunu ortaya koymuştur.