Artlı ve Karayaka kuzularında besinin 30. ve 60. günlerindeki bazı bitki kökenli retrotranspozonların IRAP ve REMAP yöntemleri ile moleküler analizi

Koyun (Ovis aries), öncelikli olarak; et, süt ve yapağı üretmek amacı ile yetiştiriciliği yapılan kültürel, ekonomik ve sosyal açıdan önemli bir çiftlik hayvanıdır. Retrotranspozonlar, transpozisyon aracı olarak RNA'yı kullanan, genom içinde yer değiştirebilen, gen anlatımının düzenlenmesi ve epigenetik süreçlerde yer alan hareketli genetik elementlerdir. Bu tez çalışmasında sütten kesimden sonraki 30. ve 60. günlerde Artlı ve Karayaka ırkı kuzuların rasyonlarında bulunan; arpaya özgü Sukkula, ayçiçeğine özgü SURE, buğdaya özgü Daniela LTR1, Danliela LTR2, Fatima ve Wis LTR2, mısıra özgü Tekay ve soya fasulyesine özgü SIRE1 retrotranspozonlarının polimorfizm durumları IRAP-PZR (Inter-Retrotransposon Amplification Polymorphism - Retrotranspozonlar Arası Çoğaltım Polimorfizmi) ve REMAP (Retrotransposon Microsatellite Amplification - Retrotranspozon Mikrosatellit Polimorfizmi) yöntemleri ile incelenmiştir. IRAP-PZR analiz sonuçlarına göre 30 günlük örneklerde; Daniela LTRI, Daniela LTR2, Fatima LTR, SIRE1, Sukkula, SURE, Tekay ve Wis LTR2 retrotranspozonlarında polimorfizm oranı Artlı ve Karayaka için sırasıyla; %0-86, %71-89, %63-100, %0-60, %50-94, %0-100, %50-70 %50-75 arasında tespit edilmiştir. Sütten kesimden sonraki 60. günlük gruplar incelendiğinde ise Daniela LTRI, Daniela LTR2, Fatima LTR, SIRE1, Sukkula, SURE, Tekay ve Wis LTR2 retrotranspozonlarında polimorfizm oranı sırasıyla; %60-86, %71-78, %40-80, %36-55, %58-94, %0-80, %45-60 %40-90 arasında belirlenmiştir. Çalışmada REMAP-PZR genetik çeşitliliğin daha güvenilir bir şekilde belirlenmesi için ISSR primerleri ile IRAP markırları kombine edilmiştir. REMAP1 analiz sonuçlarına göre 30 günlük örneklerde Daniela LTR1, SIRE1, Sukkula, SURE, Tekay ve Wis LTR2 retrotranspozonları için polimorfizm oranları sırasıyla; %75-100, %67-75, %50-100, %40-50, %50-90 %33-100 arasında hesaplanmıştır. 60 günlük yaşa ait olan örneklerde ise Daniela LTR1, SIRE1, Sukkula, SURE, Tekay ve Wis LTR2 retrotranspozonlarının polimorfizm oranları sırasıyla; %50-86, %67-69, %0-88, %25-33, %60-78 %20-50 arasında tespit edilmiştir. REMAP2 analizi sonucunda 30 günlük yaştaki örneklerde Daniela LTR1, Daniela LTR2, Fatima LTR, SIRE1, Sukkula, Tekay ve Wis LTR2 retrotranspozonları için polimorfizm oranları sırasıyla; %50-100, %25-100, %0-100, %50-64, %56-100, %57-71 %0-14; 60 günlük yaşta olanlarda ise sırasıyla; %60-100, %0-33, %25-60, %50-56, %50-70, %0-57, %0-14 arasında bulunmuştur. REMAP3 analizi kapsamında 30 günlük gruplarda Daniela LTR1, Daniela LTR2, Fatima LTR, SIRE1, SURE, Tekay ve Wis LTR2 için sırasıyla; %0-64, %0-100, %0-100, %75-100, %40-70, % 42-64, % 55-92 arasında polimorfizm tespit edilmiştir. Örneklerden 60 günlük yaştakilerde ise; Daniela LTR1, Daniela LTR2, Fatima LTR, SIRE1, SURE , Tekay ve Wis LTR2 için sırasıyla; %17-60, %0-100, %75-86, %50-100, %40-86, %43-57, %54-73 arasında polimorfizm göstermiştir. Çalışmadan elde edilen bulgular retrotranspozonların polimorfizm durumlarının yaşın ilerlemesi ile birlikte. her iki ırk için de azaldığını göstermiştir. Bunun nedeninin kuzuların aynı rasyonla beslenmeleri olabileceği ve bu durumun da diyet-genom etkileşimine bir örnek teşkil edebileceği düşünülmektedir.