Beyaz peynir ve süt işleme tesisinden izole edilen mikrobiyotanın karakterizasyonu

Bu çalışmada, endüstriyel olarak üretilen beyaz peynirin, üretim süresince meydana gelen süt ürünlerinin ve üretimde kullanılan işletme ekipmanının mikrobiyotasının Matriks Destekli Lazer Desorpsiyon İyonizasyon- Uçuş Zamanı Kütle Spektrometrisi (MALDI-TOF MS, Matrix Assisted Laser Desorption Ionization Time of Flight Mass Spectrometry) analizine dayalı kültüromik ve shotgun metagenomik dizileme yöntemleriyle belirlenmesi ve sonuçların laktik asit bakterileri açısından değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Bu doğrultuda, küçük ölçekli bir süt işletmesinde gerçekleşen beyaz peynir üretimi süresince çiğ sütten itibaren son ürüne kadar çeşitli aşamalarda süt ürünü örnekleri (çiğ süt, starter kültür eklendikten sonra süt, pıhtı, teleme ve beyaz peynir) alınmıştır. Bunun yanında üretimde kullanılan ekipman yüzeylerinden (tanker, tekne, karıştırıcı, kesme teli, cendere bezi) örnekler alınmıştır. Örneklerden elde edilen izolatlardan MALDI-TOF MS analizi ile Lactococcus lactis, Lactobacillus delbrueckii, Lactobacillus crispatus, Lactobacillus fermentum, Lactobacillus paracasei, Lactobacillus brevis, Streptococcus thermophilus, Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium, Enterococcus durans ve Pediococcus pentosaceus türlerine ait 109 adet laktik asit bakterisi tür düzeyinde tanımlanmıştır. İzolatlardan 9 adedi cins düzeyinde tanımlanmış olup Enterococcus olarak belirlenmiştir. İzolatlardan 4 adedi MALDI-TOF MS ile tanımlanamamış olup "Tanımlama olmadığında veri tabanına göre bulunan en yakın suş" tanımı ile Enterococcus faecium, Lactococcus lactis, Enterococcus gallinarum ve Enterococcus gallinarum/Enterococcus casseliflavus olarak sonuçlanmıştır. Shotgun metagenomik dizileme ile belirlenen süt ürünü ve ekipman yüzey örneklerinin mikrobiyel profilleri farklılık göstermiştir. Süt ürünü örneklerinde en yoğun bulunan filum Firmicutes (%63-70 arasında değişen oranlarda) iken, ekipman yüzey örneklerinde Proteobacteria (%84-89 arasında değişen oranlarda) en yoğun bulunan filum olmuştur. Ekipman yüzey örneklerinde Firmicutes filumu %5-14 oranında tespit edilmiştir. Örneklerde laktik asit bakterileri içinde en yoğun bulunan cins Lactococcus olmuştur. Bunu Streptococcus, Enterococcus, Leuconostoc, Weisella, Lactobacillus ve Pediococcus takip etmektedir. En yoğun bulunan laktik asit bakterisi türü ise Lactococcus lactis'tir. Tüm bakteri türleri arasında süt ürünü örneklerinde baskın tür Stapylococcus aureus (%21-37 arasında değişen oranlarda) olmuştur. İki yöntem birbiriyle karşılaştırıldığında, metagenomik analizlerle elde edilen biyoçeşitlilik kültüromik ile elde edilen biyoçeşitlilikten çok daha yüksektir. Metagenomik yöntemler ile örneklerde Lactococcus cinsine ait 11 tür, Streptococcus cinsine ait 64 tür Enterococcus cinsine ait 46 tür, Lactobacillus cinsine ait 54 tür ve Pediococcus cinsine ait 2 tür tanımlanmıştır. MALDI-TOF MS ile ise Lactococcus cinsine ait 1 tür, Enterococcus cinsine ait 4 tür, Lactobacillus cinsine ait 5 tür, Streptococcus cinsine ait 1 tür ve Pediococcus cinsine ait 1 tür tanımlanmıştır. Bu çalışmanın devamında örneklerden izole edilip tanımlanan bakterilerin starter kültür olma potansiyelleri incelenerek bir beyaz peynir starter kültürü elde edilmesi planlanmaktadır. Ayrıca MALDI-TOF MS ile tanımlanamayan 4 izolatın tüm genom dizileme analizleri ile yeni laktik asit bakterisi türü olma potansiyelleri incelenecektir.