Integrating biological pathways and genomic profiles with ChiBE 2

Biyolojik yolaklar bizlere bir organizmanın devamlılığını sağlayan etkileşimlerin mekansal ve zamansal organizasyonu hakkında bilgiler sunabilir. Fakat yolaklar büyük ve karmaşık olabilecekleri için, onlardan bilgi elde etmek basit bir işlem değildir. Ayrıca sadece görselleştirme odaklı analizler bizlere sınırlı miktarda bilgi sağlayabilirken, bu görsellerin deneysel sonuçlar ile entegre edilmesi farklı ve ilginç etkileşimleri açığa çıkarabilir. Bu nedenle, biyolojik yolakların analizi ve daha detaylı anlaşılması üzerine yoğunlaşmış yazılım araçlarına sahip olmanın önemi büyüktür. ChiBE, BioPAX formatında saklanan yolak verilerinin görselleştirilmesi, düzenlenmesi ve analizi üzerine odaklanmış bir yazılım aracıdır. Yazılımın ikinci versiyonu geliştirilirken çizge üzerinde aramalar, yüksek çıktılı deney sonuçlarının entegrasyonu ve veritabanı bağlantılarının sağlanması üzerine yoğunlaşan eklemeler yapıldı. Ayrıca ChiBE'nin görsel sembolleri de SBGN tarafından belirlenmiş standartları takip edecek şekilde güncellendi. Daha önceden tanımlanmış olan yolak sorgulama algoritmaları BioPAX modelleri üzerinde kullanılabilecek şekilde uyarlandı. Bunlara ek olarak yeni yolak sorgulama türleri de geliştirildi. Bu algoritmaların eklenmesiyle birlikte, ChiBE artık yolakları daha küçük parçalara ayrıştıran ve karmaşık çizgelerin detaylı analizini sağlayan birçok farklı yola sahip oldu. Mikrodizi deneyleri sonuçlarına kolay erişim sunmak için GEO veritabanına ulaşım noktası eklendi. Ayrıca, kanser hücrelerinin genomik durumu hakkında bilgi sunmak için `cBio Cancer Genomics Portal?ı da ChiBE içerisinden erişilebilir hale getirildi. Bunlara ek olarak, DAVID veritabanına da kolay bir erişim sunulmaya başlandı. Böylelikle, kullanıcılar bir gen listesini bilinen biyolojik terimlerle eşleştirme şansına sahip olacaklar. Bu yeni özellikler ve iyileştirmelerle birlikte ChiBE 2 genomik odaklı iş akışına elverişli, geniş çapta analiz seçenekleri sunan ve biyolojik yolaklar hakkındaki bilgi birikimimizi derinleştirebilecek kapsamlı bir yazılım aracı haline geldi.