Bolu Yeniçağa Gölü actinobacteria biyoçeşitliliğinin belirlenmesi

Yeniçağa Gölü Aktinobakteri biyoçeşitliliğinin belirlenmesi ve olası yeni türlerin literatüre kazandırılması bu çalışmanın temel amacıdır. Bu çalışma kapsamın da 10 farklı besiyerinden dilüsyon plak tekniğine göre Aktinobakteri izolasyonu yapıldı. İzolasyon sonucunda 92 izolat elde edildi. 92 izolatın 6 tanesi SM2 agar, 25 tanesi nişasta-kazein agar, 12 tanesi SM3 medium, 9 tanesi Marine agar, 4 tanesi Humik asit vitamin agar, 17 tanesi M1 agar, 11 tanesi Nocardia agar, 8 tanesi ise R2A agardan izole edildi. 76 izolatın 16S rRNA gen bölgesi sekans analizleri gerçekleştirilerek cins düzeyinde belirlendi. Filogenetik analizleri MEGA 7.0 ve PHYDIT programları kullanılarak yapıldı. Çalışmada sonucunda Streptomyces cinsine ait 37, Nocardia cinsine ait 18, Nonomuraea cinsine ait 6, Micromonospora cinsine ait 5, Actinomadura cinsine ait 4 ve Amycolatopsis, Cellulosimicrobium, Glycomyces, Oerskovia cinslerine ait 1'er organizma tespit edildi. Cinslerin 16S rRNA gen bölgeleri dizi analizlerine dayalı filogenetik dendogramlar incelenerek 10 tane izolatın yeni tür olabileceği belirlendi. Bu izolatlardan 9 tanesi Streptomyces cinsine, 1 taneside Amycolatopsis cinsine aittir. Bunlardan 9 tane Streptomyces izolatının MLSA analizleri gerçekleştirildi. Elde edilen sonuçlarla izolatların filogenetik uzaklıklarının 0.007'nin üzerinde olduğu tespit edildi. MLSA ve 16S rRNA gen bölgesi verilerine göre muhtemel yeni tür olan izolatların nümerik çalışmaları yapılarak, izolatlar ve tip türleri arasındaki farklar belirlendi. Ayrıca Streptomyces sp. YC419 ve Streptomyces sp. YC504 izolatlarının tip türleriyle DNA:DNA hibridizasyon deneyleri yapılarak izolatların yeni tür oldukları doğrulandı. İzolatlar ve tip türlerinin 10 farklı besiyerine inokülasyonları yapılarak morfolojik ve kültürel özellikleri tanımlandı.