Characterization of large structural variation using linked-reads

Yüksek verimli okuma cihazlarının gelişmesiyle yapısal varyasyonların keşfi için birçok algoritma geliştirilmiştir. Ama insan genomundaki YV'ların birçoğu henüz belirlenememiştir. Mevcut metotlar delesyon, insersiyon ve mobil elemanlar üzerinde yoğunlaşmaktadır. Dengeli, DNA miktarını değiştirmeyen varyasyonların tespiti zor bir problemdir. Uzun okuma teknolojileri ile birlikte kısa inversiyonların bulunması mümkün olduysa da, büyük genomik inversiyonların keşfi için yeni metodların geliştirilmesi gerekmektedir. Dahası, şu an büyük segmental duplikasyonların insersiyon lokusunu tahmin eden bir algoritma bulunmamaktadır. Bu tezde bağlı okuma teknolojilerini kullanarak ardışık olmayan segmental duplikasyonların ve inversiyonların karakterizasyonu için özgün algoritmalar öne sürüyoruz. Bağlı okuma teknolojisi Illumina okumalarını barkodlar ile işaretle\-yerek uzun mesafe bilgisi sağlamaktadır. Tezdeki metotlar ayrık okuma sinyallerine benzeyen ayrık molekül sinyallerine dayanmaktadır. Ayrık moleküller varyasyon kesim noktalarına denk gelen ve bu nedenle referansa hizalandığında bölünen moleküllerdir. Daha önce Havuzlanmış Klon Dizileme yöntemi için tasarlanmış olan VALOR algoritmasını, bağlı okumalar ile ardışık olmayan segmental duplikasyonları ve inversiyonları bulmak için yeniden tasarladık. Bu yeni algoritmayı, VALOR2 adıyla yeni bir yazılım paketinde uyguluyoruz.