Kordoma hücre hatlarından kanser kök hücre izolasyonu: Kanser kök hücrelerin entegre miRNA-mRNA analizi

Kordoma embriyonik notokord kalıntılarından kökenlendiği düşünülen yavaş-ilerleyen ve agresif özellik gösteren nadir bir tümördür. Kanser Kök Hücreler (KKH) kanserde tümörigenez, nüks ve direnç ile ilişkilidir. CD133+CD15+ kordoma hücreleri, yüksek KKH- ve Epitelyal-Mezenkimal Geçiş (EMG) ile ilişkili gen ekspresyonu, invazyon, migrasyon, tümörküre ve koloni oluşturma yeteneği göstererek KKH fenotipi sergiledi. Bu çalışmada, farklı seviyede eksprese edilen miRNA ve mRNA'lar kordoma KKH'lerde belirlenerek kordomadaki rolleri belirlendi. KKH ile ilişkili olan WNT5A, TGF-α, BTG2 and MYCBP genlerinin sırasıyla miR-140-3p, miR-148a-3p, miR-210-5p ve miR-574-5p'nin hedefi olduğu tespit edildi. KKH ile ilişkili miRNA'ların transfeksiyonu kordoma hücrelerinin kök hücre özelliği ile birlikte invazyon ve migrasyon yeteneğini arttırdı bulundu. In vitro testler ve hasta verileri arasındaki uyumu göstermek için kordoma dokuları kullanılarak yapılan klinikopatolojik analizler, miR-140-3p ve miR-148a-3p ekspresyonunun Ki67 ile, miR-140-3p ve TGF-α ekspresyonunun ise P53 ile korele olduğu gösterdi. Son olarak, MYCBP ifadesinin tumor hacmi ile, miR-210-5p ve TGF-α ifadesinin ise metastaz ile ilişkili olduğu saptandı. Ayrıca, mRNA mikrodizin analizlerine göre, nüks kordoma örneklerinde 226 adet genin farklı seviyede eksprese edildiği saptandı. LGR5 ve IGFBP2'nin yüksek ekspresyonunun, kötü prognoz ile ilişkisi olduğu belirlendi. Bu sonuçlara ek olarak, bu çalışmamızda YU-Chorl isimli ilk nüks-klival kordoma hücre hattı geliştirilerek karakterize edilmiştir. Bu bulgular, CD133+CD15+ kordoma KKH'lerinin kendine özgü miRNA düzeni ile kordoma KKH'lerinin devamlılığında rol aldığını göstermiştir. Bu çalışma TÜBİTAK tarafından 3501-Kariyer Projesi (Proje no:112S485) olarak ve Yeditepe Üniversitesi Hastanesi tarafından desteklenmiştir.