Annotation of the Caulerpa cylindracea genome by high-throughput sequencing data analysis

Algler kök, gövde ve yaprakları farklılaşmamış; fotosentez yapabilen geniş sucul bir türdür. Tallus pigmentasyoları baz alınarak kırmızı (Rhodophyta), kahverengi (Phaeophyta) ve yeşil algler (Chlorophyta) olarak sınıflandırılabilirler. Yeşil bir alg olan Caulerpa cylindracea tropikal ve yarı tropikal bölgelere yayılan istilacı bir su yosunu türüdür. Akdeniz'de en kötü 100 istilacı yabancı deniz türünden biri olarak bildirilmiştir. Çok kolaylıkla yayılabilir ve ekolojik biyoçeşitliliği dramatik olarak değiştirebilir. Kıyı ekosistemi üzerine teşkil ettiği tüm potansiyel tehdide rağmen, hakkında bulunan genetik bilgi çok kısıtlıdır. Biyolojik, moleküler ve biyokimyasal mekanizmalarının ortaya çıkarılması için türe ait kapsamlı genomik bir araştırmanın yapılması zorunludur. Bu sebeplerden dolayı, bu çalışma C. cylindracea genomuna özgün bir yaklaşım sunmaktadır. Bir önceki çalışmada yeni nesil DNA dizileme yöntemiyle elde edilen C. cylindracea transkriptomunun analizi hedeflenmiştir. Elde edilen 83.071.493,00 okuma Trinity programı ile referans genom kullanmaksızın de novo birleştirilmiş ve 33340 adet belirli fonksiyonlara sahip gen kümesi tarafından temsil edilen 47400 kontig belirlenmiştir. İşlevsel analiz için Swiss-Prot, Pfam, ve EggNOG veri tabanları kullanılmıştır. 21001 transkripte ait 14147 adet gen kümesi belirlenmiş ve en yüksek kapsama 13012 gen kümesi ile Swiss-Prot veri tabanından elde edilmiştir. Gen ontolojisi analizleri 40,94% biyolojik proses, ardından 32,05% hücresel bileşen ve 27,01% moleküler fonksiyon şeklinde sonuçlanmıştır. Ek olarak C. cylindracea genomu 88,85% ökaryot, 9,86% bakteri ve 0,67% virüs alemine benzerlik göstermiş olup, tür seviyesinde Arabidopsis thaliana ile 69,76% benzerlik göstermiştir. Basit dizilim tekrarları MISA programıyla tanımlanmıştır. Sırasıyla 16,156 ve 10,207 basit dizilim tekrarı (>500 baz çifti) ve (>1000 baz çifti) nükleotid sekansları için tanımlanmıştır. Analizi yapılan transkriptom bilgisinin ve bulunan sonuçların gelecekteki çalışmalara zemin hazırlaması ve Caulerpa cylindracea türüne ait moleküler yolakları aydınlatması beklenmektedir.