Chlamydomonas reinhardtii'de bazı fosfataz ve fitaz proteinlerini kodlayan genlerin fosfat eksikliği altındaki ekspresyon düzeylerinin RT-PCR ile belirlenmesi

Chlamydomonas reinhardtii moleküler biyolojide model organizma olarak kullanılmaktadır. Bu mikro algin doğal habitatı toprak ve tatlı su ortamlarıdır. Bildiğimiz kadarıyla literatürde C. reinhardtii genomunda metallofosfoesteraz (MPA) ve fitaz olarak anote edilen genlerin transkripsiyonu üzerine yapılan RT-PZR çalışması yoktur. Bu genler ziraat ve biyoteknoloji açısından önemli proteinleri kodlamaktadır. C. reinhardtii toprakta yaşadığı için salgıladığı bu enzimlerle topraktaki bitki besin maddelerinin bitkilere yarayışlı olması üzerine etki gösterebilir. Dolayısıyla model organizma olmasına ilaveten biyogübre olarak da kullanılabileceğini düşünmekteyiz. Yaptığımız çalışmanın amacı Phytozome veritabanında C. reinhardtii genomunda bulunan fosfataz (PHOX, PHOD ve PHO1) ve metallofosfoesteraz (MPA) genlerini tespit ederek olası peptidlerinin domain, motif, hücre içi lokalizasyon vb. analizlerini biyoinformatik araçlar kullanarak belirlemektir. Buna ilaveten bu genlerin gerçekte aktiviteye sahip olup olmadıklarının ve fosfat eksikliğine toleransda rol alıp almadıklarının daha iyi anlaşılabilmesi için mRNA düzeylerini deneysel olarak RT-PZR ile belirlemek ve bu genlerin fosfat eksikliği altında ekspresyonlarının değişip değişmediğini belirlemektir. RT-PZR sonuçları MPA ve fitaz olarak adlandırılan genlerin bazılarının transkripsiyonunda fosfat açlığı altında artış, bazılarında ise fazla bir değişiklik olmadığını göstermiştir. Bu sonuçların ışığı altında bu enzimlerin biyoteknolojide kullanılabilme olasılıkları tartışılarak gelecekteki uygulamalar için önerilerde bulunulmuştur. Çalışmada bu genler için geliştirdiğimiz primerler ve RT-PCR protokolleri ilerideki çalışmalarda bu genlerin ekspresyon analizleri için de kullanılabilecektir.