Distributed stream-processing framework for graph-based sequence alignment

Kısa okuma genom verilerinin işlenme süresini en aza indirmek için optimize edilmiş okuntu hizalama sistemleri gerekmektedir. Günümüzde birçok dizilim hizalama aracı mevcut, fakat bunlardan sadece birkaçı akıntı halindeki baz-çağrışımlarını doğrudan işleyebilme yeteneğine sahiptir. Anaakım hizalayıcıların okuntuları referansa hizalamaya başlayabilmesinden önce okuma işleminin bütünüyle tamamlanması gerekir. Okuma işleminin tamamlanması günler sürebilir. Çıktılar daha sonra, coğullama cözme işlemiyle, tekil okumalara dönüştürülür, bu işlem fazladan bir kaç saat daha sürebilir. Uçtan uca genom analiz süresi, yeni okumalar henüz üretilmekte iken hizalandırların aşamalı olarak hesaplanması halinde, önemli miktarda kısaltılabilir. Özellikle hayati durumlarda genom analizinin mümkün olduğunca çabuk yapılması önem taşımaktadır. Bu tez, kısa okumaların genom çizge yapılarına hizalandırılması için dağıtık akıntı işleme sistemi sunar. Genom okuma verilerinin yüksek miktarda paralel veri sunan doğasına karşılık yüksek miktarda paralel veri işleyebilen bilgisayım mimarisi gerekir. Bu nedenle {\algname{}} adlı sistemimizi bir çok okumayı aynı anda de Bruijn çizgesine hizalayabilecek şekilde tasarladık. Yöntemimiz Illumina gibi baz-çağrışım tabanlı okuma teknolojileri için özelleşmiştir. Sonuçlar okuma aygıtından son bazlar üretildikten kısa bir süre sonra çıkarılır.