Clostridium difficile klinik izolatlarının antimikrobiyal direnci, moleküler epidemiyolojisi, toksin genleri ve fajlarının araştırılması

Sağlık hizmetleriyle ilişkili enfeksiyonların önde gelen nedeni ve küresel olarak halk sağlığına yönelik önemli bir tehdit olarak kabul edilen Clostridioides (Clostridium) difficile, hayatı tehdit eden enfeksiyonlara neden olabilen anaerobik, sporlu, gram pozitif bir basildir. Bu çalışmada, C. difficile izolasyonu; izolatların toksin genlerinin, antimikrobiyal direncinin, klonal ilişkisinin ve bakteriyofajlarının araştırılması amaçlanmıştır. Aralık 2017-Ekim 2020 tarihleri arasında toksin araştırılan 825 dışkı örneğinin anaerobik kültürü yapılmış ve izolatlar geleneksel yöntemlere ilaveten MALDI-TOF MS (Bruker, Almanya) ile tanımlanmıştır. Kırk üç C. difficile izolatının antimikrobiyallere direnci gradiyent test ve agar dilüsyon yöntemi ile, toksin genleri ve bakteriyofajları polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile, klonal ilişkisi değişken alanlı jel elektroforezi (PFGE) ile araştırılmıştır. İzolatların vankomisine %100, metronidazole %100, moksifloksasine %90 ve klindamisine %60 oranında duyarlı olduğu bulunmuştur. Eritromisin, tigesiklin ve fidaksomisinin minimum inhibitör konsantrasyon (MİK) değerleri sırasıyla, 0.25-≥256 µg/mL, ≤0.016-0.047 µg/mL ve 0.008-0.25 µg/mL arasında saptanmıştır. İzolatların 14 (%32.6)'ünde tcdA, tcdB, cdtA ve cdtB genleri pozitif, 11 (%25.6)'inde tcdA, tcdB ve cdtB genleri, 18 (%41.9)'inde tcdA ve tcdB genleri tespit edilmiştir. PZR ile izolatların 31'inin Miyovirüs, 17'sinin Sifovirüs ve 10'unun her iki holin genini birlikte taşıdığı belirlenmiştir. Mitomisin C ile indüklenen 38 izolat en az bir konağı enfekte etmiştir. PFGE ile 43 izolatın benzerliği %39.3 olarak belirlenmiş, çoklu klonal grupların varlığı ve sadece toplam altı izolatın, kaynağa bakılmaksızın (yani klinik ve poliklinik) %100 benzer olduğu bulunmuştur. Bu çalışma, literatür araştırmasına göre, ülkemizde C. difficile izolatlarının PFGE ile klonal ilişkilerinin, fidaksomisine duyarlılığının ve bakteriyofajlarının saptandığı ilk çalışmadır. Elde edilen bulguların ve daha fazla klinik izolatla yapılacak kapsamlı çalışmaların, C. difficile enfeksiyonlarının epidemiyolojisinin daha iyi anlaşılmasına, önlenmesine, tedavisine katkı sağlayabileceği ve CDE'nin küresel sağlık sistemi üzerindeki yükünü azaltabileceği kanaatindeyiz.