ClPB geninin meme kanserlerindeki ifadesi, hasta sağ kalimina etkisi ve genetik/epigenetik regülasyonu

Dünya çapında kadınlarda en çok görülen kanser çeşidi meme kanseridir. Kemoterapi direnci meme kanseri tedavisinde sık karşılaşılan bir sorundur. Bu doğrultuda tanı ve tedaviye doğru yaklaşım sağlayabilmek için biyobelirteçlerin, anti-kanser ilaçların ve yeni hedef genlerin belirlenmesi oldukça önemlidir. CLPB geni, daha önce yapılan çalışmalarda kanserle ilişkilendirilmiştir. Anti-apoptotik özellik gösteren CLPB proteini, lösemi hücrelerinde ilaç direnci geliştirmiştir ve ayrıca hücre büyümesini destekleyici etkiler de göstermiştir. Melanoma hücrelerinde ise CLPB ifadesinin baskılanması, proliferasyon, invazyon ve migrasyon süreçlerini inhibe etmiştir. Bu çalışmada, meme kanseriyle henüz ilişkilendirilmediğini bildiğimiz ATPase AAA süper ailesine ait CLPB geninin meme kanserindeki ifade seviyeleri ve genetik/epigenetik alterasyonları araştırıldı. Meme kanseri hastalarında CLPB geninin ifade düzeyleri ve prognostik özellikleri, UALCAN ve bc-GenExMiner in-silico araçları kullanılarak analiz edildi. CLPB genine ait mRNA ifade seviyeleri, normal meme dokusu ile tüm meme kanseri alt tipleri karşılaştırıldığında, meme kanseri alt tipleri anlamlı olarak yukarı regüle edilmiştir. Yüksek CLPB ifadesi, üç farklı sağ kalım türü olan tam sağ kalım (OS), hastalıksız sağ kalım (DFS) ve uzak metastazsız sağ kalım (DMFS) ile olumsuz ilişkilidir. CLPB ifadesinin yüksek olması, bazal benzeri, luminal A ve HER2 pozitif alt tiplerinde sağ kalımı olumsuz etkilemektedir. CLPB geninin mRNA ifadesi, farklı alt tiplere sahip meme kanseri hücre hatlarında Multiplex-Semi-Q-RT-PCR ve Q-RT-PCR yöntemleri ile incelenmiştir. Meme kanseri hastalarında somatik mutasyon ve kopya sayısı varyasyonlarının (CNV) insidansı düşüktür. CLPB geninin promotor bölgesi hem tümör örneklerinde hem de hücre hatlarında, sırasıyla UALCAN ve COBRA (kombine bisülfit restriksiyon analizi) ile yapılan analizlerde hipometile bulunmuştur. CLPB genini meme kanserinde potansiyel bir tedavi hedefi ve biyobelirteç adayı olarak öneriyoruz. Meme kanserinde yüksek CLPB ifadesi ve olumsuz sağ kalım sonuçlarına ilişkin bulgularımız, bu genin melanoma ve lösemide gösterilen onkogenik rolüyle uyumludur. Genetik alterasyonlar CLPB'nin regülasyonuna ve/veya işlevine katkıda bulunmuyor gibi görünse de promotor hipometilasyonu, meme kanserinde yüksek ifadesinin nedenlerinden biri olabilir.