Hyper-box enclosure method and its application to microarray analysis

Veri madenciliği genetik, protein bilimi, evrim, sistem biyolojisi ve mikrodizi gibi birçokbiyobilisim alanında kullanılmaktadır. Son zamanlarda gelistirilen çok boyutlu kutu kapsamametodu sınıflandırma problemleri için oldukça etkili bir yöntemdir ve veri tipine göreparametre eniyilestirmesi gerektirmez. Bu tezin amacı çok boyutlu kutu kapsama yöntemininanlasılması, gelistirilmesi ve önemli bir biyobilisim problemi olan mikrodizi analizi içinkullanılmasıdır.Mikrodizi ölçümlerinden elde edilen verinin en önemli uygulaması tümör tiplerinin belirligenlere (bu genler farklı kanser tipleri için az ya da çok ifade edilebilir) göresınıflandırılmasıdır. Ancak mikrodizi analizi için kullanılan algoritmaların birçoğu veri tipinegöre daha yüksek doğruluk için eniyilestirme gerektirir. Ayrıca bu az ya da çok ifade edilmisgenler arasından optimum seti bulmak da kanser tiplerinin tespiti ve gelisimini takip etmekiçin kritiktir. Bu gereklilikler bağlamında, asgari sayıda gen kullanılarak bazı kanser tiplerininsınıflandırılması tamsayı karısık programlamaya dayalı çok boyutlu kutu kapsama yöntemi ileyapılmıstır. Kullanıcı dostu ve etkili bu yöntem klinik arastırmacılara bazı kanser tipleriningidisatını izlemesi için de yardımcı olabilir.