Utilization of tanscript variants of CXXC5 gene to predict its promoter

CXXC5, deregülasyonunun kanser de dahil olmak üzere farklı hastalıklarda etkisinin olduğunun gösterildiği östrojen yanıtlı bir gendir. CXXC5'in fizyolojik ve patofizyolojik durumlardaki rolünü anlamak için gen ifadesinin nasıl düzenlendiğini anlamak elzemdir. CXXC5 gen ifadesine yönelik fikir edinmek için promotör bölgesini tanımlamak istedik. CXXC5 promotörünün ana transkript varyant(lar)ının transkripsiyon başlangıç yer(ler)inin yakınında olabileceğini tahmin ettik. Bu çalışmada, CXXC5 ana transkript varyantını ve bu varyantın transkripsiyon başlangıç yerini belirlemek istedik. CXXC5'in hepsi aynı proteini kodlayan 14 tane transkript varyantı vardır. CXXC5 Transkript Varyant 2'nin MCF7 ve HL60 hücrelerinde en fazla ifade seviyesine sahip olduğunu, bu sebeple ana transkript varyantı olduğunu bulguladık. CXXC5 Transkript Varyant 2'nin geniş bir transkripsiyon başlangıç bölgesine sahip olduğunu ve bu bölgeden daha önce tanımlanmamış bir CXXC5 transkript varyantının sentezlendiğini gösterdik.