DNA dizilerinin de Bruijn grafları ile incelenmesi

Son yıllarda bilgisayar bilimlerindeki hızlı gelişmelere paralel olarak genetik mühendisliğinin önemi artmıştır. Bu gelişmeler biyoinformatik ve biyoistatistik disiplinlerinin ortaya çıkmasına ve ilerlemesine vesile olmuştur. Günümüzde özellikle "İnsan Genom Projesi" ile biyolojik verilerin daha hızlı ve daha güvenilir yöntemlerle incelenmesi hayati bir konu haline gelmiştir. Bu amaçla, bilgisayar bilimlerinin temel konularından graflar ve graf algoritmaları daha sık kullanılmaya başlanmıştır. Son yıllarda genetik verilerin hizalanması, dizilenmesi, sadeleştirilmesi ve analiz edilmesinde graf tabanlı yaklaşımlar çok sık kullanılmaya başlanmıştır. Bu tez çalışmasında, biyolojik veri olarak DNA dizileri, DNA dizileme ve DNA dizi sadeleştirmede kullanılan De Bruijn grafları incelenmiş ve DNA verileri üzerinden De Bruijn graflarını modelleyen bir yazılım aracı geliştirilmiştir. Bu çalışmanın esasını oluşturan De Bruijn grafları basit DNA dizileri kullanılarak çeşitli örneklerle detaylı olarak incelenmiştir. Örnek DNA kısa-okuma verileri ile referans genom elde etmek için De Bruijn graflarını modelleyerek geliştirilen bir yazılım aracı ile uygulamalar sunularak sonuçlar değerlendirilmiştir. Sonuç olarak bu tez çalışmasında geliştirilen yazılım ile De Bruijn graflarının DNA dizileme, DNA sadeleştirilmesi işlemlerinde önceki yöntemlere göre daha hızlı ve güvenilir sonuçlar verdiği gösterilmiştir.