Investigation of real time DNA repair via surface plasmon resonance (SPR)

UV ışığına maruz kalan canlıların DNA yapısında büyük değişimler görülebilir. Siklobütan primidin dimerlerin (CPD) ve 6-4 lezyonlarının oluşumu bu değişimlerin en sık gözlemlenenleridir. Bir flavoprotein alt ailesine ait olan CPD I ve II fotoliaz enzimleri DNA üzerinde UV ışığı ile hasar görmüş bu bölgelere spesifik bağlanarak, hasarlı bölgelerin tamirini üstlenir. Mavi ışık enerjisini kullanarak tek zincrili ve çift zincirli DNA'ların UV-hasarlı bölgelerini tamir eden bu protein ailesine akraba olan kriptokromlar ise DNA tamirinden çok, bitkilerde ışık reseptörü, memelilerde ise sirkadiyan saatin önemli bir bileşeni olarak metabolizma içinde görev alır. Bu bilgiye rağmen, oldukça yeni keşfedilen bir kriptokrom çeşidinin de UV ışığı ile hasarlanmış tek zincirli DNA'yı fotoliaz enzimi gibi tamir edebildiği gözlemlenmiştir. CRY-DASH adı verilen bu protein henüz yeterli miktarda araştırmaya konu olmamıştır. Bu tezde, tek zincirli ve çift zincirli DNA'nın CRY-DASH ile etkileşimi, tamir süreci Yüzey Plazmon Rezonansı (SPR) adı verilen bir teknik yardımı ile incelenmiş olup, bu etkileşimin DNA-fotoliaz enzimi etkileşimi ile karılaştırması yapılarak CRY-DASH'in DNA'ya bağlanma etkinliği ölçülmüştür. SPR sayesinde CRY-DASH'in ve fotoliaz'ın DNA anlık bağlanması, bu bağlanmanın spesifikliği kinetik parametrelerin de hesaplanması ile görülmüştür. Bu çalışma DNA üzerindeki lezyonların tamirini SPR yöntemi ile göstermesi açısından önemlidir.