Interfaces of intrinsically disordered proteins

Yakın zamana kadar, literatürde bütün proteinlerin sabit üçüncül (tersiyer) yapıya sahip olduğu görüşü ağırlık kazanmış durumdaydı. Ancak yapılan çalışmalar bazı proteinlerin ya da protein bölümlerinin fizyolojik şartlar altında katlanmamış olarak bulunduğunu göstermektedir. Bu özelliği gösteren proteinlere doğal düzensiz proteinler ya da aslen katlanmamış proteinler denilmektedir. Düzensiz proteinler birçok önemli biyolojik fonksiyonda anahtar roller almaktadırlar. Özellikle sinyal aktarımı ve regülasyon için, düzensiz proteinler oldukça önemlidir.Bu proje temel olarak düzenli ve düzensiz proteinler ve onların arayüzlerinin farkları üzerinde durmaktadır. Bu amaçla veri setimizdeki proteinleri (1) düzenli ve (2) düzensiz proteinler olmak üzere ikiye ayırdık. Daha sonar bu proteinleri yapısal özellikler ve kimyasal doğalarına göre inceledik. Erişilebilir yüzey alanlarını ve amino asit başına düşen alanları yapısal özelliklerini karşılaştırmak için kullandık. Ayrıca proteinlerin düzenli ya da düzensiz oluşuna göre sıcak nokta sayısının nasıl değiştiğini de inceledik. Kimyasal doğalarını karşılaştırmak için, protein ve arayüzlerdeki polar amino asitlerin apolar amino asitlere oranını hesapladık. Düşük hidrofobik içerik düzensiz proteinler için önemli bir gösterge olduğu için, hidrofobi karşılaştırmalarında polar/apolar oranı kullanıldı. Ek olarak, düzensiz proteinlerin bağlanma tercihleri de analiz edildi.Bu projede ikinci amacımız düzensiz proteinler için yeni bir arayüz tipi oluşturmaktı. Arayüzler yapılarına ve fonksiyonlarına göre 3 gruba ayrılmaktadırlar. Bu gruplar Tip 1, Tip 2 ve Tip 3 olarak adlandırılmıştır. Bizim amacımız da düzensiz proteinlerin arayüzlerinden oluşan Tip 4`ü oluşturmaktır.