Statistical mechanics and local chain dynamics of denaturated dynamics

Doğal Halde Olmayan Proteinlerin İstatistikselMekaniği ve Yerel DinamiğiÖzetHızlı büyüyen araştırma alanlarından biri olan biyoinformatiğin en çok uğraştığı konulardan biri,proteinlerin üç boyutlu yapılarının tahmin edilmesidir. Proteinlerin doğal halleri, dönme açılarıcinsinden ifade edilir. Bu tezde, doğal halde olmayan proteinlerin dönme açılarının istatistikselortalamalarını ve bu açıların arasındaki bağıntıları hesaplamak için dönme izomerleri modelini(RIS) kullandık. Bunun için, proteinleri ardışık üçlü amino asit gruplarına böldük ve bu üçlüleremoleküler dinamik simülasyonları uyguladık. Sonuçlar, üçlülerin bazı konfigürasyonlarının,proteinin doğal halinin açılarının tahmin edilmesinde önemli rol oynadığını gösterdi. Ek olarak,moleküler dinamikten elde ettiğimiz sonuçları, uzun menzilli etkileri ortaya çıkarmak içinkullandık. Monte Carlo ve genetik algoritma kullanarak dönme açılarının istatistiksel ağırlıklarınıuzun menzilli etkileri de içerecek şekilde değiştirdik. Bunun yanı sıra, moleküler dinamikten,Monte Carlo metodundan ve genetik algoritmadan elde ettiğimiz olasılıksal ağırlıkları ısıkapasitesini hesaplamada kullandık. Ayrıca, dinamik dönme izomerleri modelini kullanarak birhalden diğer hale geçiş olasılıklarını hesapladık. Sonuçlar, ikincil yapıların önce helis daha sonrada beta oluşacak şekilde geliştiğini destekler yöndedir.