Drosophila melanogaster'de PGRP-LF geninin otoinflamasyon bakımından etkileştiği diğer genlerin genom çaplı ilişkilendirme modeliyle saptanması

Otoinflamatuar hastalıklar tekrarlayan inflamatuar ataklarla karakterize edilen klinik durumların bir grubunu ifade etmektedir. Patogenetik bir bakış açısıyla spesifik bağışıklığın dahil olmadığı ve sadece doğal bağışıklığa ait düzenleyici mekanizmalardaki bozukluklarla tanımlanabilirler. Bağışıklık sisteminin kronik kontrolsüz aktivasyonu sebebiyle ortaya çıkarlar. Yaşlanma ve bağışıklık sistemi arasında, şimdiye kadar kesin bir şekilde aydınlatılmamış bir biyolojik ilişki vardır. Bağışıklık sistemindeki bozukluklarla ortaya çıkan belirtilerle, yaşlanma süreciyle birlikte gözlenen belirtiler oldukça benzerdir. Yaşlanma, bağışıklık fonksiyonunun bozulmasına katkıda bulunur ve organizmayı enfeksiyonlara yatkın hale getirir. Özellikle Drosophila bağışıklık sistemi, yaşlanmaya eşlik eden dejeneratif süreçlerden büyük ölçüde etkilenmektedir. Bağışıklık sistemi regülasyonunda meydana gelen bozuklukların yaşlanma sürecini hızlandırdığı düşünülmekle birlikte, mekanizmalar tam olarak bilinmediği için artan mortaliteyle ilişkili genler de bilinmemektedir. Bu mekanizmayı anlamak için, PGRP-LF geninin başka hangi genlerle etkileştiğini saptamak gerekir. Tez kapsamında Drosophila melanogaster'de bağışıklık sistemiyle ilgili yolaklarda görev alan PGRP-LF geni mutantının genom çaplı ilişkilendirme analizleri (GWAS) için kullanılmasıyla, bağışıklık sisteminin genetik altyapısını ve yaşlanma ile olan ilişkisini aydınlatmak hedeflenmiştir. Bu amaç doğrultusunda deneylerde Drosophila Genetik Referans Paneli (DGRP) soyları kullanılmıştır. CRISPR/CAS9 yöntemiyle oluşturulmuş PGRP-LF mutant soyu ve aynı genetik arka plana sahip kontrol soyu, DGRP soyları ile çaprazlanmıştır. Elde edilen F1 dölleri, tüm bireyler ölene kadar yaşlandırılmıştır. Yaşlanma deneyleri sonucunda elde edilen ömür uzunlukları verileriyle çok-yönlü varyans analizi (ANOVA) gerçekleştirilmiştir. Analiz sonucunda PGRP-LF geninin susturulmuş mutant formunun, DGRP soyu boyunca istatistiksel açıdan ömür uzunluğunun önemli değişim gösterdiği saptanmıştır. ANOVA sonucunda anlamlı çıkan GENOTİPXSOY ve GENOTİPXSOYXEŞEY etkileşimleri çerçevesinde GWA analizleri gerçekleştirilmiştir. Elde edilen GWAS sonuçlarında her iki eşey bazında da (dişi,erkek) p değeri 10-5 ve daha küçük (p<10-5) olan genetik varyantlara odaklanılmıştır. Analiz sonucunda 52 SNP ile etkileşen genetik varyant elde edilmiştir. Bu genlerin gen ontoloji analizleri, biyolojik süreçlerdeki görevleri, moleküler fonksiyonları, insan ortologlarının ilişkilendirildiği hastalıklar ve özellikler çerçevesinde incelemesi yapılmıştır. Literatür taraması sonucunda elde edilen genlerinn bağışıklık sistemi ve yaşlanma ile ilgili olduğu görülmüştür. Bağışıklık sistemi ve yaşlanma ile ilişkilendirilen genlerin yanı sıra birçok yeni aday gen elde edilmiştir. Sonuç olarak tezin amacı olan bağışıklık sistemi ve yaşlanma ilişkisinin genetik altyapısına dair önemli bulgular elde edildiği düşünülmektedir.