Elektroforetik hareketlilik kayma yöntemi ile transkripsiyon faktör-promotör etkileşiminin belirlenmesi

DNA'da var olan bilginin kullanımı ve düzenlenmesi proteinler ile ilişki içerisindedir. DNA'ya bağlanan proteinler organizmada transkripsiyon, paketlenme, DNA tıpkı yapım (replikasyon) ve DNA onarımı gibi süreçlerin her basamağında önemli role sahiptir. Protein-DNA arasında kurulan bağın doğasını anlamak, genetik işleyişi çözmek açısından büyük öneme sahiptir.DNA-protein etkileşiminin tanımlanmasında DNaseI footprinting, nitroselüloz filtreleme, ChIP yöntemleri uygulanmaktadır. Elektroforetik hareketlilik kayma yöntemi (Electrophoretic mobility shift assay/EMSA) protein-nükleik asit etkileşimlerinin belirlenmesinde kullanılan hızlı ve duyarlı bir yöntemdir. EMSA radyoaktif temelli bir yöntem olmakla birlikte, radyoaktif olmayan işaretleme yöntemleriyle de kullanılabilmektedir.Tez çalışmasında, DNA-protein ilişkisinin tanımlanmasında sıklıkla kullanılan bir yöntem olan EMSA'yı laboratuvar koşullarımızda radyoaktif olmayan işaretleme ile optimize etmeyi amaçladık. Wnt5b, Fzd4, Fzd5 ve Fzd7 genleri çalışmamızda model olarak kullanıldı. Bu genlere ait promotör bölgelerine bağlanan transkripsiyon faktörleri biyoinformatik yöntemlerle belirlendi. Dört gene de, ortak bağlandığı hipopetik olarak gösterilen üç transkripsiyon faktörü ile çalışıldı. Bunlar; ?genomatix genom çözümleme yazılımı? kullanılarak belirlenen Sp1, Egr-1, KLFS transkripsiyon faktörleridir.Yapılan çalışmalar sonrasında radyoaktif olmayan EMSA yöntemi, laboratuvar koşullarında optimize edilmiştir. EMSA'nın ileriki çalışmalar için bir araç olarak kullanılması planlanmaktadır.Anahtar Sözcük: EMSA, protein-DNA etkileşimi, Sp1 transkripsiyon faktörü