Entomopatojenik nematodlarla (Steinernema ve Heterorhabditis) simbiyotik yaşayan Xenorhabdus ve Photorhabdus bakterilerinin tanımlanması

Bu tez çalışması kapsamında Güney Afrika Cumhuriyeti topraklarından izole edilmiş olan 123 entomopatojenik nematod izolatıyla mutualistik ilişkili olan bakterilerin izolasyonu ve moleküler olarak tanımlanması yapılmıştır. Tüm bakteri izolatlarının tür teşhislerinde ve filogenetik ağaçların çiziminde RecA gen bölgesi sekansları kullanılmıştır. Toplam 890 baz çiftinden oluşan RecA gen bölgesi, recA-F (5´-GCTATTGATGAAAATAAACA-3´) ve recA-R (5´-RATTTTRTCWCCRTTRTAGCT-3´) primerleri kullanılarak PCR yöntemiyle çoğaltılmıştır. Yapılan RecA gen bölgesi analiz sonuçlarına göre Steinernema cinsi nematodlardan izole edilen Xenorhabdus bakterilerinin 53 suşunun birbirlerine oldukça yakın gruplar olduğu, ancak bunların daha önce tanımlanmış Xenorhabdus türlerinden ise oldukça farklı bir grubu temsil ettiği belirlenmiştir. Elde edilen veriler SGI-145 izolat numarasıyla gösterilen bakteri suşunun X. miraniensis türüne, 16 suşun ise X. khoisanae türüne ait olduklarını göstermiştir. Ayrıca 5 izolatın (SGI-220, SGI-226, SGI-221, SGI-238 ve SGI-249) X. indica, 3 suşun (NWGA-7, NWGA-33 ve SGI-145-b) ise X. bovienii türüne ait oldukları belirlenmiştir. Oluşturulan Photorhabdus cinsine ait filogenetik ağaç bakteri suşlarının büyük bölümünün Photorhabdus luminescens türüne ait olduklarını ancak bu suşların P. luminescens türünün farklı alttürleri olabileceğini göstermiştir. Bunun yanı sıra sadece bir adet izolatın (SGI-193) P. luminescens subsp. thracensis türüne ait olduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak elde edilen moleküler veriler Güney Afrika izolatları arasında en azından bir tane yeni Xenorhabdus türünün ve Photorhabdus luminescens türüne bağlı yeni birkaç alttürün olduğunu ortaya koymuştur.