Epstein-barr EBNA1 reseptörünün dna bağlanma bölgesine moleküler yerleştirme ile yeni inhibitör geliştirilmesi

Herpesvirüs ailesine üye virüslerden biri olan Epstein-Barr virüsü (EBV) infeksiyöz mononükleaz, Burkitt lenfoması, Hodgkin lenfoması, nazofarinjiyel karsinoma ve gastrik karsinoma gibi hastalıklara yol açmaktadır. Epstein-Barr Nükleer Antijeni 1 (EBNA1) 641 amino asitten oluşan ve EBV tarafından kodlanan antijenlerden biridir. EBNA1 latent dönemde DNA replikasyonu, viral ve hücresel genlerin transkripsiyonu ve B-lenfositlerde önemli rol aldığından DNA ile etkileşiminin önlenmesi önemli bir ilaç geliştirme basamağı oluşturmaktadır. Bu çalışmada, ZINC15 ligand veritabanından 1600, literatürlerden seçilen 58 ve Schrodinger paket programında yer alan Breed programı ile tasarlanan 410 tane ligand, ilaç olma özellikleri bakımından filtrelere tabi tutularak, ilaç olma özelliği olan toplam 1635 ligand Autodock4 programı ile EBNA1 proteinin DNA bağlanma bölgesine yerleştirildi. Çalışma sonucunda tasarlanmış olan ligandlardan B288 kodlu ligandın en iyi skoru (-10.74 kcal/mol) elde ettiği belirlendi. Ligand-protein etkileşimleri incelendiğinde ligandların DNA bağlanma bölgesinde yer alan kalıntılarla önemli etkileşimlerde bulunduğu gözlendi.