Large structural variation discovery using long reads with several degrees of error

Genetik yapısal varyasyonlar (YV) kısaca DNA'nın içerik, kopya ve düzenindeki büyük çaplı değişikliklerdir. Her ne kadar yüksek çıktılı dizileme (YÇD) kullanılmaya başlandıktan sonra ciddi oranda aşama kaydedildiyse de, kırılma noktalarındaki dizi karmaşıklığı kompleks YV ve dengeli yeniden-düzenlenmelerin doğru tespiti muamması güçlüğünü sürdürmektedir. Yakın zamana kadar, okumalar kısa olduğunda bahsi geçen bölgelerdeki okuma hizalamasının zorluğu ve uzun okuma platformlarının yüksek hata oranları YV keşfi sürecindeki problemlerin temelini oluşturmaktaydı. Ancak, Pacific Biosciences şirketinin, $>99\%$ doğruluk payı ve $10-20$ kbps uzunlukta okuma yapabilen High Fidelity (Yüksek Doğrulukta, HiFi) dizileme metodunun ortaya çıkmasıyla, etkili YV keşfi ve kırılma noktası çözünürlüğünün iyileştirilmesi mümkün olmuştur. Biz bu çalışmayla uzun okuma teknolojileri kullanarak yüksek kırılma noktası çözünürlüğüne sahip büyük yapısal varyasyon keşfi yapan özgün bir algoritma olan DALEK'i sunuyoruz. DALEK, uzun okumalardaki ayrık dizi ve dizi derinliği sinyalleri kullanarak büyük (>10 kbps) silinme, inversiyon ve kesitsel duplikasyonları keşfetmektedir. Ayrıca algoritmanın parametrelerine göre hali hazırda yüksek hatalı olan Oxford Nanopore Technologies uzun okumalarından da YV tespiti yapabilmektedir.