Gene2Phen– A web-based tool to build, visualize and compare phenotype specific subnetworks

Hastalıklar genellikle çok sayıda gen ve bu genlerin ürünü olan proteinlerin diğer hücresel bileşenlerle işbirliğiyle oluşturduğu karmaşık etkileşim mekanizmalarında meydana gelen bozulmalar sonucu gelişir. Protein – protein etkileşimlerini hem etkileşim ağı seviyesinde hem de mutasyon bilgisi ile birlikte moleküler seviyede incelemek ve yorumlamak, farklı kaynaklardan beslenen kapsamlı bir araştırma süreci gerektirir. Bu tezde, geniş ölçekli protein-protein etkileşim ağını, üç boyutlu protein yapısı bilgilerini ve etkileşim ara yüzlerinde görülen mutasyon bilgisini entegre ederek, araştırmacılara farklı fenotiplerin moleküler mekanizmalarını keşfetme ve diğer fenotiplerle karşılaştırmalarında yardımcı olacak web tabanlı bir araç olan Gene2Phen'i geliştirdik. Gene2Phen, protein-protein etkileşimlerini yapılarına ve mutasyon verilerine bağlı olarak inceleyebilmek için geliştirilmiş olup fenotipe özgü alt ağların oluşturulması, görselleştirilmesi ve karşılaştırılması için otomatikleştirilmiş bir iletişim hattı işlevi görür. Gene2Phen web aracı, bir fenotipe özgü tohum genlerine dayalı olarak insan protein-protein etkileşim ağını önceliklendirir. Kullanıcılar, önceliklendirilmiş etkileşim ağından fenotipe özgü bir alt ağ oluşturabilirler. Fenotipe özgü alt ağlar görselleştirilebilir ve interaktif olarak karşılaştırılabilir. Bu interaktif ağ gösteriminde her protein, genom ek açıklamaları ve topolojik özellikleri ile birlikte gösterilir. Gene2Phen'i eşsiz kılan bir özelliği, protein-protein etkileşimlerinin üç boyutlu yapısal modellerini ve öngörülen protein-protein ara yüzlerini görüntüleme yeteneğidir. Kullanıcılar, tahmin edilen protein - protein ara yüzleri üzerine eşlenmiş olan mutasyonların listesini görebilirler. Bu özellik kullanıcıların protein - protein ara yüzlerini değiştiren mutasyonları ve bu mutasyonların fenotipe özgü alt ağlardaki yerlerini öğrenebilmelerini sağlar. Gene2Phen, protein-protein ağlarının, protein yapısının ve hastalıkla ilgili mutasyonların büyük ölçekte entegrasyonunu otomatikleştirerek yalnızca verimliliği ve etkililiği artırmakla kalmayıp yeni çözümler ve araştırmalar için manivela gücü sağlayabilir.