Hepatosellüler kanserde MIR100HG'nin KLF7 transkripsiyon faktörü ile regülasyonu

MIR100HG geni, insanda 11. kromozomun q kolunda lokalize olan bir lncRNA'dır. MIR100HG, çeşitli kanserlerde anormal olarak ifade edilir ve tümör hücre biyolojisi ile kanserle bağlantılı birçok yolakta yer alarak onkojenik ya da tümör baskılayıcı bir rol üstlenir. Literatürde hakkında çok az çalışma bulunan MIR100HG geni kolorektal kanserde, larengeal skuamöz hücreli karsinomada, mide kanserinde ve hepatosellüler karsinomada ifade olan bir gendir. Bu tez çalışması kapsamında MIR100HG'nin KLF7 transkripsiyon faktörü tarafından transkripsiyonel regülasyonu aydınlatılmıştır. İnsan MIR100HG promotor bölgesine ait kısaltılarak hazırlanan 5 farklı delesyon konstraktı (1244 bç -1013/+231, 1046 bç -815/+231, 909 bç -678/+231, 628 bç -397/+231 ve 419 bç -188/+231) klonlanmıştır. Bu tez çalışması kapsamında, bu konstraktlardan 1046 bç (-815/+231) ve 909 bç (-678/+231) promotor konstraktlarının klonlanması gerçekleştirilmiştir. Geçici transfeskiyon deneylerinde, insan hepatosellüler karsinoma hücre modelinde (Hep3B) tüm promotor konstraktarının aktif olduğu ve 628 bç (-397/+231), 1046 bç (-815/+231) ve 1244 bç (-1013/+231) promotor parçalarının en yüksek bazal aktiviteyi gösterdiği belirlenmiştir. Yapılan biyoinformatik analizler sonucunda MIR100HG'nin promotor bölgesinde olası KLF7 bağlanma bölgelerini içerdiği tespit edilmiştir. Promotor parçalarının KLF7 transkripsiyon faktörü ile kotransfeksiyonu MIR100HG'nin transkripsiyonel seviyesini arttırmıştır. Ayrıca KLF7'nin overekspresyonunun, MIR100HG'nin ifadesini mRNA düzeyinde normoksik ve hipoksik koşullarda arttırdığı qRT-PCR ile gösterilmiştir. Kromatin İmmünopresipitasyonu (ChIP) analizi ile KLF'nin MIR100HG promotorunda fonksiyonel olarak farklı bağlanma bölgeleri olduğu doğrulanmıştır. KLF7'nin overekspresyonunun doğrulanması, normoksik ve hipoksik koşullarda, mRNA düzeyinde qRT-PCR, MTT, Koloni Formasyon, Scratch (Migrasyon) ve IFC deneyleri ile gösterilmiştir.