Hepatosellüler karsinoma mikrodizin ekspresyon verilerinin in silico modellenmesi

Bu çalışmada, HCC hücrelerinde Lityum etkisi ile meydana gelen proliferasyon inhibisyonunda, ekspresyonu transkript düzeyinde değişen genler ve bu genlerin yer aldığı sinyal yolaklarının tanımlanması için, Huh7 hücre hattı kullanılarak elde edilen ekspresyon mikrodizini veri setleri çözümlendi. İlk olarak, 48 saat, 20 mM LiCl uygulanmış ve uygulanmamış Huh7 hücrelerinden elde edilen, genom düzeyinde ekspresyon profilleri, Mikrodizin Anlamlılık Analizi yöntemi kullanılarak analiz edildi. İstatistiksel anlamlılık testi sonrası, Huh7 hücre hattında kontrole kıyasla anlamlı olarak artma ve azalma gösteren 1807 genin var olduğunu tespit edildi. (FDR<0.01). Bu genlerin, açımlama analizi sonrası, Huh7 hücre hattındaki değişim gösteren genler ile ilişkili 142 farklı sinyal yolağının olduğu bulundu ve bu yolaklardan 18 tanesi istatistiksel açıdan anlamlı olarak belirlendi (p<0.01). Ayrıca, Gen Ontolojisi terim analizi anlamlı bir şekilde artma ve azalma yönünde değişen genlerin farklı biyolojik süreçler ve moleküler işlevlerde yer aldığını gösterdi. Ekspresyon seviyeleri 4 ya da 4 kattan daha büyük artma ve azalma şeklinde değişime sahip genlerden oluşan iki ayrı gen kümesinin promotor analizi ile her bir gen kümesine ait genlerin promotor bölgesinde bulunan olası ortak nükleotit motifleri belirlendi. Sonuç olarak, veri setinden elde edilen anlamlı genlerin ek moleküler biyolojik yöntemlerle ileri çözümlemeleri, Huh7 hücrelerinde proliferasyon inhibisyonu üzerine Lityum etkisinin altında yatan moleküler mekanizmanın anlaşılmasına yardımcı olacağına inanmaktayız.