In silico analysis of mutant p53(R249S) oncogenicity in Hepatocellular carcinoma

Mutant p53 proteinlerinin onkojenik özellikleri hala az bilinenen bir konudur ve bu olguyu sağlayan mekanizma hala çözülmüş değildir. Bu tezin amacı, oligonukleotid dizinlerinin kullanıldığı geniş ölçekli transkriptomik analizini yaparak, p53'ün 249. kodon (AGG?AGT, arjininden serine) mutasyonunun hepatosellüler karsinomaya (HCC) olan etkisini ortaya çıkarmak. Wild-type ve mutant p53(R249S) taşıyan HepG2 hücrelerinin ifade şekli karşılaştırıldı. Mikrodizin veri analizi sonucu ifadesi değişen 84 genden oluşan ve bir ?moleküler imza? niteliğinı taşıyan bir ifade değişikliği açığa çıkarılarak, mutant p53(R249S) ifadesinin Hep G2 hücrelerinde tamamen ayrı bir gen ifade şekline sebep olduğu gösterildi. Ayrıca, bu 84 genin p53 etkileşim ağına eşlestirilmesi sonucu p53(R249S) ifadesinin işlevsel sonuçlarını degişik moleküler etkileşimler bağlamında açıklayan varsayımlı bir etkileşim ağı ortaya cıkarıldı. Bu çalışmayla elde edilen sonuçlarla, birkaç Hepatocyte Nuclear Factor'ün (HNF1A, HNF4A and HF6) ilgili gen ağının kilit molekülleri olarak mutant p53'ün HCC'deki onkojenik aktivitesinin sağlanmasında önemli roller üstleniyor olabildikleri gösterildi. Anahtar sözcükler: p53, hepatosellüler karsinoma, mikrodizin, gen ağı, biyoenformatik.