Identification of the lactobacillus species originated from human gut by pcr - ardra technique

Konakçı sağlığı üzerinde olumlu etkiler gösteren canlı mikroorganizmalar probiyotik olarak adlandırılır. Son yıllarda, probiyotik olan laktobasillerin tüketicinin sağlığı için faydalı olduğu düşünülen ürünlerde kullanılmasıyla buna olan ilgi artmıştır. Lactobacilluslar çoğunlukla endüstriyel ve klinik öneme sahip olan şu anda yaklaşık 140 türü ile birlikte en önemli organizmalar arasındadır. Probiyotik suşun sadece fenotipik ve fizyolojik özellikleri bakımından tanımlanması genellikle çok fazla ayırt edici değildir. Tür seviyesinde Lactobacillus'un tanımlanması günden güne daha gerekli hale gelmektedir. Maalesef metodların çoğu yoğun iş yüklü, maliyetli ve zaman alıcıdır. Bu araştırmanın amacı çoğaltılmış 16S ribosomal DNA kesim analizlerinin (ARDRA) kullanımı ile insan sindirim sisteminde bulunan 14 Lactobacillus suşunu ayırt etmek ve tanımlamaktır. Bu çalışmada, 16S rRNA genine karşı iki üniversal primer (8UA ve 1492R) kullanılarak 1.5 kbç PZR ürünleri, üreticilerin ticari amaçla kullandığı suşlardan elde edilmiştir. Türe özgü restriksiyon parçaları oluşturmak için, çeşitli veri tabanlarından elde edilen 14 Lactobacillus türünün 16S rRNA gen dizilerinin eşleşmeleri sonucu üç adet restriksiyon endonukleaz (FspBI, HinfI ve DraI) seçilmiştir. PZR ürünlerinin bu üç enzim tarafından kesilmesi sonucu oluşan fragmentlerin 14 tür için özgün olan fragmentler oluşturduğu görülmüştür. Ondört ticari Lactobasillus türünden elde edilen 1.5 kbç PZR ürünlerinin FspBI, HinfI ve DraI endonukleazları ile kesimi sonucunda sırası ile altı, dört ve iki Lactobasillus türü ayrıştırılmıştır. Sunulan bu çalışma 1.5 kbç 16S rRNA gen parçalarının insan sindirim sisteminde bulunan Lactobacillus türlerini etkili, hızlı ve uygun bir şekilde ayırt edilidiğini ve tanımlandığını göstermiştir.