Genetic and epigenetic evaluation of the candidate genes in human hepatocellular carcinomas

Hepatoselüler karsinoma (HK) dünya çapında, diğer kanser türleri arasında 5. en yaygın kanser türü ve 3. en yaygın kanser ilişkili ölüm sebebi olarak sınıflandırılabilir. HK ayrıca en yaygın karaciğer kanseri tipidir. Hepatokarsinojeneziz çok adımlı bir süreçtir ve bu süreç bugüne kadar tam olarak anlaşılamamıştır. Bu çalışmada, hepatokarsinojenezizde rol oynayabilecek aday genler ve moleküler yolaklar genetik ve epigenetik bakımdan değerlendirilmiştir.RAS/RAF/MAPK yolağı genetik bakımdan incelenmiş ve HK hücre hatlarında, MEK1 (MAP2K1), MEK2 (MAP2K2), ERK1 (MAPK3), ERK2 (MAPK1) ve PTPN11 (SHP2) genlerinde hiçbir mutasyon saptanmamıştır.TP53 yolağı karaciğer karsinojenezizinde genel bir inaktivasyon hedefidir. Analizimiz MDM2-SNP309 G aleli varlığının, somatik TP53 mutasyonları varlığı ile ters orantılı olduğunu göstermiştir. Bu bulgu, MDM2-SNP309 G alel varlığnın fonksiyonel olarak TP53 mutasyonlarının yerini alabileceğini ve etiyolojik faktörlere ek olarak, HK yaygınlık farklılıklarının bir kısmından sorumlu olabileceğini düşündürmektedir.SIP1 geninin epigenetik olarak susturulmuş olmasıyla beraber, bu genin karaciğer tümörlerinde normal karaciğer dokusuna göre düşük mRNA ve protein ifade seviyesine sahip olması, SIP1 geninin potensiyel bir tümör baskılayıcı gen olabileceğini işaret etmektedir. Başka kanser türlerinde önceki yayımlanmış çalışmalarla uyumlu olarak, bizim sonuçlarımıza göre PTPRD geni ifadesinin epigenetik olarak baskılandığı ve mutasyona uğradığı karaciğer tümörlerinde ilk kez gösterilmiştir. Çalışmamız, diğer aday genler arasında, FBXL11, TUBA3C, TPTE2, IQSEC1, MIPOL1, CHUK, MCL1, MAGI-2 ve PTPRCAP genlerinin hepatokarsinojenezizde rol oynadığını öne sürmektedir.