Peptide based inhibitor design for interleukin 1 beta (IL-1ß)

İnterlökin 1 beta (IL-1ß), İnterlökin kesici enzim Kaspaz-1 (ICE) tarafından hücre içinde aktif hale getirilen önemli bir inflamatuar sitokindir. Aktivasyonla birlikte IL-1ß hücre dışına salgılanır. IL-1ß'nın yüksek dozda salınımları romatoid eklem iltihabı ve intestinal inflamasyonla ilişkilendirilmiştir. Bu yüzden L-1ß'nın bloke edilmesi bu tarz hastalıkların kontrolünde önemli rol oynamaktadır. IL-1ß'nın hücre zarına gömülü reseptörü (IL-1R) ve aksesuar proteini (IL-1RAcP) bulunmaktadır. IL-1ß'nın reseptörüne ve aksesuar proteinine bağlanmasıyla bu proteinlerin hücre içindeki kısımları birbirine yaklaşır ve daha çok IL-1ß salınımı için hazır hale gelir. Bu çalışmada aktif IL-1ß'nın inhibisyonu hesaplamalı bağlama teknikleriyle incelenmiştir. IL-1ß'nın reseptörüne bağlanırken aktif özellik gösteren kısımları bağlanma noktası olarak seçilmiştir. Uygun inhibitor adayı bulmak için yaygın olarak kullanılan Genetik Algoritma ve Saklı Markov Modeline dayalı Viterbi Algoritması bağlanma enerjileri ve yapısal özellikleri dikkate alınarak hedef protein üzerine uygulanmıştır. Sonuç olarak, Genetik Algoritma yardımıyla üçlü ve beşli peptid adayları ve Viterbi Algoritması yardımıyla otuz adet yedili peptid adayı bulunmuştur. En uygun adayı bulmak için seçilen peptid dizilimleri Moleküler Dinamik Simülasyonlarından hesaplanan bağlanma enerjileri yardımıyla tekrar elenmiştir. En muhtemel adayların IL-1?'yı da inhibe ettiği gözlemlenmiştir. Ligandların kopma süreçleri atom bazında incelenerek olasılık dağılımları gözlemlenmiştir.