Östrogen reseptör α bağlanma bölgelerinin STARR-seq ile sorgulanması

Meme kanseri ve endometriyal kanser, dünya genelinde kadın popülasyonunda en sık görülen kanser türleridir. Bu kanser türlerinin ortak noktası, ilaca yanıt, hücre çoğalması ve hayatta kalması için önemli olan çeşitli genleri kontrol eden bir transkripsiyonel faktör olan Östrojen Reseptör alfa (ERα) aktivitesidir. Aktif ERα, sitoplazmadan çekirdeğe yer değiştirir ve burada genom üzerinde binlerce bölge ile bağ kurabilir. Bu bölgeler, ERα bağlanma bölgeleridir. Bu bölgeler, meme kanseri ve endometriyal kanseri'in başlaması ve ilerlemesi ile ilgili genleri kontrol eden düzenleyici elemanlar olarak bilinir. ERα'nın her iki kanser türündeki kritik rolü göz önüne alındığında, ERα'ya bağlı güçlendiricilerin hedef genlerin transkripsiyonunu nasıl yönlendirdiğinin daha iyi anlaşılması ve etkili tedavi stratejileri geliştirmek için umut vericidir. ERBS'leri meme kanserinde ve endometriyal kanserde karakterize etmek için, klinik ERBS'lerin arttırıcı aktivitesini yeni bir toplu paralel raportör tahlili olan STARR-seq ile nicel bir şekilde değerlendirmeyi amaçladık. Bu, iki sistemde ERα'nın transkripsiyonel aktivitesinin ilk işlevsel "haritasını" oluşturmamıza izin verecektir, bu haritalardan ERα tarafından düzenlenen arttırıcılar, indüklenebilir olanlar, yapısal olarak aktif olanlar ve aktif olmayanlar olarak sınıflandırılabilir. Bu ortak projenin ilk adımı olarak, klinik olarak ilgili ERBS'ler, özel bir STARR-Seq kitaplığı oluşturmak için ERα pozitif BCa ve EnCa hastalarından ERα ChIP-seq tarafından tanımlandı. Bir model olarak, hastalardan toplanan patolojik olarak önemli güçlendirici bölgeleri değerlendirmek için aday ERBS'lerin transkripsiyonel aktivitesini değerlendirmek için MCF7 hücreleri (meme kanseri) ve Ishikawa hücreleri (endometriyal kanser) kullanıldı. Bu tez kapsamında, STARR-Seq kütüphanesini MCF7 ve Ishikawa hücrelerine iletmek için deneysel koşulları optimize ettik ve optimizasyondan sonra; yeni nesil dizileme ve biyoinformatik analiz için gerekli örnekleri hazırladık. Biyoinformatik analiz son adım olarak gerçekleştirilecektir. Genel olarak, nihai hedef, klinik olarak tespit edilen ERBS'lerin aktivitesini tanımlamak ve kategorize etmek ve ERα arttırıcı aktivitesinin fonksiyonel bir haritalamasını oluşturmaktır.