Kanser genomik bilgisinin yolaklar dahilinde analizini sağlayan yazılım araçları

Veri Görselleme soyut olarak temsil edilmiş bilginin, insan algısını destekleyecek, etkili bir biçimde görsel olarak temsil edilmesini hedefler. Çizgeler ilişkisel bilginin temsil edilmesi için tercih edilen uygun yapılardır. Bir çizgenin görsellenmesi çizgenin yapısındaki ilişkisel bilginin daha iyi anlaşılması ve çözümlenmesi bakımından fayda sağladığı için önemlidir. Biyolojik yolak görselleme¸ Çizge görsellenmesinin yaygın olarak kullanıldığı bir alandır. Kanser ile ilişkili yolakların ilgili kanser genomik bilgisi dahilinde interaktif bir biçimde çözümleme ve görsellenmesi, örn: TCGA projesi dahilinde erişilebilen yolaklar, araştırmacılar için hastalıkların olası nedenlerini anlamak, neden sonuç ilişkilerini gözlemlemek adına değerli bilgiler sunar. Bu yolakların boyutu ve karmaşıklığı ve de ilgili genomik datanın boyutu arttıkça, daha etkili karmaşıklık yönetim teknikleri, etkili ve gelişmiş çizge görsellemeleri, bilgisayar ortamında kolay olarak paylaşıma olanak sağlayan bilgi temsilleri araştırmacıların neden sonuç ilişkilerini daha iyi çözümlemesine imkan sağlar. Bu tez çalışması kapsamında genomik datanın yolaklar dahilinde görsellenmesini sağlayan yazılım bileşenleri tasarlanmış ve gerçekleştirilmiştir. Bu yazılım bileşenleri özel olarak cBioPortal for Cancer Genomics (cBioPortal) isimli, kanser araştırmalarında yaygın olarak kullanılan web tabanlı bir yazılım dahilinde genlerin birbirleriyle ilişkilerini gösteren düzenleyici yolakları ve moleküler seviyede prosesleri görselleyebilmek için hayata geçirilmiştir. cBioPortal dünya çapında aylık olarak yaklaşık 60.000 kişi tarafından ziyaret edilen, büyük çapta kanser genomik bilgisinin görsellenmesi¸ çözümlenmesi ve indirilmesi hizmetleri veren web tabanlı bir yazılımdır. cBioPortal dahilinde geliştirilen çizge görselleme bileşeni, verilen bir gen listesinin , bir kanser tipi dahilinde etkileştiği diğer genleri içeren komşuluk yolaklarını kanser genomik bilgisiyle beraber etkili bir biçimde görselleyebilmektedir. Buna ek olarak çeşitli filtreleme ve karmaşıklık yönetimi olanakları da ( örn: genomik alterasyona göre çizge köşelerini filtreleme, gen etkileşimlerini alındığı veri tabanına göre filtreleme) bu yazılım bileşeni dahilinde hayata geçirilmiştir. Istenildiği takdirde gen etkileşimleri daha detaylı bir şekilde, moleküler seviyede prosesler dahilinde Systems Biology Graphical Notation (SBGN) diye ad- landırılan bir notasyonla görsellenebilmektedir. Bu detaylı proses seviyesinde olan yolak bilgisi Pathway Commons isimli yolak veritabanından bir sorguyla, SBGN proses dili diye adlandırılan bir dilde alınmaktadır. Son olarak, özellikle TCGA yayınlarında sıkça rastlanan ve yaygın olarak kullanılan bir notasyonda yolakların görsellenmesi ve oluşturulması amacıyla yeni bir yolak görselleme aracı tasarlanmış ve geliştirilmiştir. Bu yazılım aracı standard bir çizge görselleme ve oluşturma aracından farklı olarak, ortak olarak bir TCGA yolağının araştırmacılarca oluşturulmasına olanak sağlamaktadır.