Regulation of keratin 8 during cancer cell division

Keratinler, Tip I ve Tip II ara filamentler olarak sınıflandırılan hücre iskeleti proteinlerdir. Bu yapılar hücreye mekanik dayanıklılık ve stabilite sağlar. Ancak bu sağlam yapıların, hücre bölünmesi gibi dinamik süreçlerde nasıl düzenlendiği ve işlev gördüğü hakkında yeterli bilgi bulunmamaktadır. Hücre bölünmesinin biyokimyasını ve keratinlerin düzenlenmesini daha iyi anlamak amacıyla kanser hücre bölünmesinde keratin 8'e odaklanıldı. Keratin 8, ifade seviyesinin tümör oluşumu sırasında korunması ve farklı hücre tiplerinde gösterdiği çeşitlilik nedeniyle dikkat çeken bir adaydır. Bu filament yapılar, hücre bölünmesi sırasında, tam olarak bilinmeyen mekanizmalar yardımıyla filament olmayan kümelere ayrılmaktadır. Keratin 8'in fosforilasyona bağlı çözünürlüğünü anlamak amacıyla farklı hücre hatlarında hücre döngüsüne bağlı fosfoproteom analizi gerçekleştirildi ve hücreler arası düzenlenen fosforilasyon bölgeleri incelendi. Bu amaç doğrultusunda TiO2 fosfopeptit zenginleştirme yöntemi ile hem etiketsiz hem de dimetil etiketleme bazlı kantitatif yaklaşımlar kullanıldı. DDA, DIA ve PRM temelli kütle spektrometresi yöntemleri uygulanarak keratin 8'in hücre bölünmesi sırasında hücre tipine özgü veya hücreler arası ortak olarak düzenlenen fosforilasyon bölgeleri belirlendi ve kantitatif olarak analiz edildi. Keratinlerin işlevsel rollerini daha iyi anlamak için keratin 8 ile etkileşen proteinler immünopresipitasyon yöntemiyle araştırıldı. Keratin 8'in diğer hücre iskeleti proteinleriyle ilişkisini incelenerek mikrotübüllerle olan etkileşimine odaklanıldı ve mitozdaki rolü detaylandırıldı. Keratin 8'e bağlı mikrotübül etkileşimcilerini belirlemek için mikrotübül çöktürme metotları uygulandı. Metafaz sırasında keratin 8'in NDC80 kompleksi ile olan ilişkisi analiz edilerek kinetokor-mikrotübül bağlantısındaki rolü süper-çözünürlüklü görüntüleme ile araştırıldı. Bu çalışma, hücre bölünmesi sırasında keratinlerin düzenlenmesi ve işlevi ile ilgili kapsamlı bir bilgi sunmuştur.