Identification of theranostic gene markers in cancers and prognostic validation in colorectal cancer

Kolorektal kanser (KRK) dünyada en yaygın olan dördüncü kanser türüdür. KRK için 5 yıllık hayatta kalma oranı diğer kanser türlerinden daha yüksek olmasına rağmen prognoz tahmini ve yüksek tahmin gücü olan biyobelirteçlerin belirlenmesi hastaların tedavilerden faydalanabilmeleri ve hayatta kalabilmeleri için hala önemini korumaktadır. Klinikte kullanılacak biyobelirteçlerin belirlenmesi için günümüzde kullanılan teknikler çok genli listeler ile model oluşturmak üzerine kuruludur. Fakat, bu tür modeler hücre hatlarını güzelce ayırabilirken, tümördeki çeşitlilik ve gen ifadesini ölçen tekniklerin düşük duyarlılığı yüzünden tümör örneklerinde doğru tahmin oranları yeteri kadar yüksek değildir. Daha önceki yayınlanmış çalışmalar da gösteriyor ki, çok genli listeler eşit sayıda gen içeren rastgele gen listelerinden daha iyi ayrımlar yapamıyorlar. Bu sebeple, biz bu çalışmada, kemoterapi faydasını tespit edebilen tek gen prognoz belirteçleri belirlemek için, iki adet R tabanlı istatistiksel analiz programı (SSAT ve USAT) geliştirmeyi hedefledik. SSAT ile ULBP2 ve SEMA5A genlerini kolon kanseri için ve USAT ile PTRF, TGFB1I1, DUSP10, KLF9, CLCN7 ve CLDN3 genlerini KRK için aday prognoz belirteçleri olarak tespit ettik. ULBP2 ve SEMA5A genlerini bağımsız bir hasta grubunda diğer klinik parametrelerden bağımsız prognoz belirteçleri olarak doğruladık. Fakat, USAT ile belirlediğimiz aday genlerden sadece CLCN7 genini doğrulayabildik. Bu sonuçlar bize SSAT'ın aday prognoz belirteçleri belirlemek için daha iyi bir program olabileceğini ve USAT'ın daha iyi prognoz belirteçlerini tespit edebilmesi için geliştirilmesi gerektiğini gösterdi. Ayrıca CCLE ve CGP ilaç veritabanlarında ULBP2 ve SEMA5A genlerinin kemoterapi faydası tahmini yapabildiklerini de gösterdik. Fakat bu sonuçlar in vitro deneyler ile doğrulanmalıdır. Bu çalışmada kullandığımız yöntemlerin, klinikte kullanılabilecek, prognoz ve kemoterapi faydası tahmini yapabilen ürünlerin geliştirilmesi için yapılacak çalışmalara katkı sağlayacağına inanıyoruz.