Identification of transcriptional regulatory networks characterizing invasive and non-invasive bladder cancer cell lines

Mesane kanseri histopatolojik olarak kasa invasiv olan (MIBC) ve kasa invaziv olmayan (NMIBC) mesane kanseri olarak ikiye ayrılır. Hastalık seyri ve tedavi seçenekleri bu iki türde birbirinden çok farklıdır. Bu tez çalışmasında amaç, MIBC ve NMIBC mesane kanseri hücre hatlarını karakterize eden gen regülasyon mekanizmalarını belirlemektir. H3K27ac kromatin immünopresipitasyonu takiben dizileme (ChIP-Seq) tekniği uygulanarak MIBC(5637, HT1376, J82, T24) ve NMIBC (RT112, RT4) gruplarına özgü enhancer bölgeleri belirlenmiştir. Takiben, bu bölgeler üzerinde bulunan transkripsiyon faktörleri ve muhtemel hedef genleri belirlenmiştir. Kromatin ilişkili proteinlerin seçici izolasyonu (ChIP-SICAP) methodu ile belirlenen transkripsiyon faktörleri ile beraber bulunan proteinler belirlenmiştir. FLI1 and FRA1 ChIP-Seq deneyleri de yapılarak hedef genleri filtrelenmiştir. Son olarak, FLI1 ve FRA1 genleri susturularak hedef genler üzerinde etkisi incelenmiştir. FLI1 ve FRA1 transkripsiyon faktörleri motifleri MIBC grubuna özgü enhancer bölgelerinde; GRHL2, Tp63 and PPARɣ transkripsiyon faktörleri motifleri NMIBC'ye özgü enhancer bölgelerinde bulunmuştur. MIBC grubuna özgü bulunan hedef genler genellikle "epitel hücre göçü" ile alakalı iken NMIBC grubunun hedef genlerinin çoğunlukla transkripsiyon faktörlerinden oluştuğu gözlemlenmiştir. FLI1 ve FRA1 ChIP-SICAP ve ChIP-Seq deneyleri ve FLI1 ve FRA1 genlerinin susturulmasından sonra, MAP4K4 ve FLOT1 genlerinin bu transkripsiyon faktörleri tarafından regule edildiğini göstermiştir. Elde edilen bulgular MIBC ve NMIBC gruplarını karakterize eden regülasyon mekanizmalarını ortaya çıkarmıştır. FRA1 ve FLI1, invaziv karakteri regüle eden iki anahtar gen olarak belirlenmiştir. Anahtar Sözcükler: Mesane kanseri, epigenetik, gen regülasyonu, invazyon