Peptide based drug design and pathway analysis for Caspase-1

Literatürde çok çalışılan proteinlerden biri olan kaspaz-1 (ICE), inflamatuar tepkilerdeki önemli rolleri yüzünden birçok bilim adamının ilgisini çekmektedir. Ayrıca, 40'dan fazla substratı olduğu için apoptotik yoldaki fonksiyonları gibi başka rolleri vardır. Pro-IL-1beta gibi substratlarının fazla salınımı bazı inflamatuar rahatsızlıklara yol açar. Bu yüzden, kaspaz-1 ile ilgili olan inhibisyon ve metabolik yol çalışmaları önem kazanmıştır.Kaspaz-1 için peptit bazlı ilaç tasarımı çalışıldı ve potent inhibitörler hesaplamalarla belirlendi. Asp ve D-enantiomerik aminoasitlerle bisiklik (kaynaşmış olan iki tane halkalı yapıyı barındıran molekül) ve keton yapıların, önceki deneysel çalışmalarla uyumlu bir şekilde iyi inhibitörler olduğu görüldü. Bununla beraber, kaspaz-1 metabolik yolunda çok hedef belirlenmesi yapılmıştır. Bir peptidin konformasyonunu minimize durumundan bağlanmış durumuna geçerken değiştirip değiştiremeyeceğini gösteren Viterbi Algoritması ile de tripeptitlerdeki konformasyonel faktörüler dikkate alınmıştır.Kaspaz-1 metabolik yolunda Ağ Yapı Modeli ile yapılan nakavt analizi; NLRP3, ASC, kaspaz-1, NF-kappaB, pro-IL-33, TLR4, TLR2, TRIF ve MyD88 nakavtlarının etkili olduğunu göstermiştir.