Detection of probiotic microorganisms using RT-PCR, and isolation, identification, probiotic properties of lactobacillus species from kefir

Kefir, probiyotik bakımından zengin bir süt ürünüdür. Bu çalışmada kefir probiyotiksuşlarının saptanması için SYBR green bazlı gerçek zamanlı PZR metodu kullanılmıştır. Bu analiz,L.acidophilus, L.delbrueckiisubsp. bulgaricus, L.kefiri, L.kefiranofaciens, L.fermentum, L.plantarum, L. amylovorus, L. casei, L.paracasei, Streptococcusthermophilus ve Saccharomycescerevisiaetürlerine özgütespite olanak sağlamıştır. Bu metot, Kırgızistan'daki bir süt ürününden ve Türkiye'deki beş farklı kefir kaynağından doğrudan izole edilen DNA'yı kullanarak gerçekleştirilmiştir. PZR testinden elde edilen amplifikasyon ve erime eğrisi sonuçları, tüm kefir örneklerindeL.kefiri, L.kefiranofaciens, L. casei ve L. paracasei'nindominant bakteri olurken; L. acidophilus, L. delbrueckiisubsp. bulgaricus, L.fermentum, L. plantarum, L. amylovorus, Streptococcusthermophilus ve Saccharomycescerevisiae'ın birkaç kefir örneğinde tespit edildiğini göstermektedir. Mikroskobik inceleme ve biyokimyasal testlere göre, 100 bakteriyel izolattan 30'unun Lactobacillus cinsine ait olduğu doğrulanmıştır. Kefir örneklerinden izole edilen Lactobacillus türlerinin potansiyel probiyotik özelliklere sahip olduğu da gösterilmiştir. Ayrıca, kefir örneklerinden elde edilen bu izolatların tanımlama çalışmaları yürütülmüştür. Bu izolatlar 16S rRNAsekanslama analizi ve hizalama ile tanımlanmıştır. BLAST sonuçları, 19 izolatınLactobacillusparacaseisubsp. toleranssuşu NBRC 15906 ile % 97'den fazla benzerlik gösterdiğini, 5 izolatınLactobacillusgallinarumsuşu ATCC 33199 ile%99'dan fazla benzerlik gösterdiğini, 2 izolatın (k5-14 ve k5-15)Lactobacilluszeaeile sırasıyla %99.21 ve %98.71 benzerlik gösterdiğini, ayrıca 2 izolatın (K4-6a ve K6-3a) Lactobacillushelveticussuşu NBRC 15019 ile% 99.22'den fazla benzerlik gösterdiğini ortaya koymuştur. Bununla birlikle,Lactobacillusrhamnosussuşu NBRC 3425 ile %99,45 benzerlik gösteren (K6-14) ve Lactobacillusintestinalis TH4 suşu ile %98,27 benzerlik gösteren K2-3 olmak üzere iki izolat daha tanımlanmıştır.Clustal omega programı ile karşılaştırmalı dizilim hizalama (sequence alignement), bazı izolatların tanısında yararlı olmuştur.