Kibyra antik popülasyonunda arkeogenomik analizlerle paleopatoloji etmeninin tespiti

Son yıllarda antik DNA çalışmaları ile metagenomik çalışmaları birbirine destek sunacak ve yeni bilimsel sorulara cevap bulacak nitelikte birlikte kullanılmaktadır. Bu tez çalışmasında Kibyra antik kentine ait kilise etrafında bulunan mezarlardan arkeolojik kazılar sonucunda elde edilen iskeletlerin herhangi bir patojen etmeni içerip içermediği bakılmıştır. Kullanılan metodolojik yaklaşımda optimize edilen silika membran kitler ile aDNA izolasyonu gerçekleştirilmiş. aDNA izolasyonu ardından spektrofotometrik ölçüm ile örneklerin DNA içerikleri kontrol edilmiş ve kütüphane hazırlıklarına başlanmıştır. Bu metodolojik adımlardan sonra da metagenomik analizlerin en iyi biçimde çalışılmasına izin veren ve çalışmanın da amacına uygun olan 16S rRNA genine ait V3-V4 gen bölgeleri çalışılmıştır. Örneklem grubunda 9 makrolojik taramadan sonra 6 örnekte DNA izolasyonu yapılmıştır. Seçilmiş olan bu 6 örnekten de 3 tanesini Illumina sekans platformuna göndermiş ve 3 örnekten de sekanslama verileri elde edilmiştir. Her bir örnek için metagenomik analizler ile mikroorganizma profilleri ve birbirlerine göre mikroorganizma profilleri çıkartılmıştır. Sonuç olarak elde edilen verilerde her bir mikroorganizmanın metagenomik profil çeşitliliğinin benzer ancak mikroorganizma gruplarının dağılım oranlarında farklılıklar gözlemlenmiştir. Bu farklılıklara bakıldığında da diş örneklemine ait örnekte filogenetik ağaç, alfa çeşitlilik ve beta çeşitlilik gibi analizler uygulandığında dış grup olarak davrandığı gözlemlenmiştir. Mikroorganizma çeşitliliğine bakıldığında da örneklere ait herhangi bir paleopatoloji etmeni olan sinyal görülmemiştir. Yürütülen bu tez çalışmasında Kibyra antik kentinden arkeolojk kazılarla elde edilen örneklerin ölü gömme geleneklerinde görülen dönemsel farklılığına, antik DNA çalışmaları ve metagenomik çalışmaları yaklaşımı ile bakıldığında bir patolojik etmene rastlanmadığı görülmektedir. Bu çalışmaya ek olarak ileri çalışmalarında örneklem sayısının artırılması ve yine metagenomik analizlerin uygulauyarak ve tür düzeyinde araştırmaları yapabilmek için de tüm genom shotgun dizileme platformlarını seçmek bizlere daha detaylı sonuçlar verebilir. Aynı zamanda da shotgun dizileme ile tüm genom profili çıkartılabilir ve çağdaşı olan diğer antik örneklemler ile de karışılaştırılabilir.