Klinik Escherichia coli izolatlarında antibiyotik direnç genlerinin araştırılması ve bazı bitki özütlerinin kinolon dirençli izolatlar üzerine etkisinin belirlenmesi

İdrar yolu enfeksiyonları (İYE) her yıl dünya çapında 150 milyon insanı etkileyen yaygın bakteriyel enfeksiyonlardan biridir ve en yaygın etken, üropatojenik Escherichia coli'dir. Bu çalışmada; Kasım 2015-Ağustos 2016 yılları arasında Türkiye'de Rize Eğitim ve Araştırma Hastanesi'nden izole edilen 90 E. coli izolatında β-laktamaz kodlayan genler, virülans faktör genleri, sınıf 1 integronları ve plazmid aracılı kinolon direnç genlerinin varlığı PZR yöntemiyle araştırıldı. PZR sonucu, integron pozitif örnekler pGEM-T vektörüne klonlanarak baz dizin analizine gönderildi. Sonuçlar biyoinformatik programlar kullanılarak değerlendirildi. Ayrıca kinolon dirençli bakterilere karşı Mentha piperita L. (nane), Rosmarinus officinalis L. (biberiye), Curcuma longa (zerdeçal) , Hypericum perforatum (sarı kantaron), Camellia sinensis (yeşil çay), Alkanna tinctoria (havacıva), Urtica dioica L. (ısırgan otu), Aloe vera L. (sarısabır) , Tilia tomentosa'nın (ıhlamur) bitki özütlerinin, minimum inhibisyon konsantrasyonları (MİK) belirlendi. Çalışmada kullanılan 90 E. coli izolatı VITEK 2 Kompakt sistem ile tanımlanmıştır. Antibiyotik duyarlılık testi sonuçları, bu izolatların fosfomisin (% 2.7), imipenem (% 3.2) ve meropeneme (%3.2) karşı düşük direnç oranlarına sahip olduğu ortaya koymuştur. Ancak, siprofloksasin (% 62.2), trimetoprim sülfometaksozol (% 75.6) ve ampisiline (% 61.1) direnç oranlarının yüksek olduğu belirlenmiştir. PZR sonuçları, suşların % 63'ünün (57/90) sınıf 1 integron gen kasetlerini taşıdığını ortaya koymuştur ve baz dizin analize göre sınıf 1 integronun dhfr gen kaseti taşıdığı belirlendi. CTX-M-2 grubu β-laktamaz taşıyan 52 izolat (% 57) ve CTX-M-1 grubu β-laktamaz taşıyan 52 izolat (% 57) tespit edildi. Ayrıca plazmit aracılı kinolon direç genleri PZR ile belirlendi ve sonuçta suşların, % 26'sının (24/90) qnrA, % 6.6'sının (6/90) qnrB ve % 3.3'ünün (3/90) qnrS geni taşıdığı tespit edildi. 90 E. coli izolatı arasında 11 farklı virülans faktör paterni tespit edildi. En yaygın virülans gen faktörü olarak fim (35 izolatta) belirlenirken, hly-fim, afa-aer-cnf-fim, aer-cnf, afa-aer ve afa-cnf-fim paternleri daha az sayıda suşta görüldü. İzolatların 14'ünde virülans gen faktörü saptanmadı. Çalışmada kullanılan bitki özütlerinin, MİK değerlerinin belirlenmesi sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile yapıldı. Deneyler 96 well-plate kullanılarak üç tekrarlı halinde gerçekleştirildi. Yapılan çalışmalar sonucunda; en yüksek antibakteriyel aktiviteyi Alkanna tinctoria özütü göstermiş olup MİK değerleri EC58 ve EC85 için 1.25 mg/ml, EC50 ve EC90 için ise MİK değeri 2.5 mg/ml olarak tespit edildi.