Klinik örneklerden elde edilen candida parapsilosis izolatları arasındaki klonal ilişkilerin araştırılmasında kullanılan yöntemlerin karşılaştırılması

Candida parapsilosis kompleks izolatlarının neden olduğu enfeksiyonların klinik önemi bilinmesine karşın kolonizasyon, enfeksiyonun patogenezi ve epidemiyolojisi hakkında bilgiler halen sınırlıdır. Moleküler tiplendirme yöntemleri Candida enfeksiyonlarının epidemiyolojisinin değerlendirilmesinde önemlidir. Çalışmamızın amacı; hastanemizde kan dolaşımı enfeksiyonu etkeni olarak izole edilen C. parapsilosis kompleks izolatlarının sıklığının belirlenmesi, suşlara ait antifungal duyarlılıkların tespit edilmesi, izolatlar arasında alt tür tayini yapılması ve izolatlar arasındaki klonal ilişkilerin araştırılmasıdır. Bu amaçla hastanemizde 2016-2022 tarihleri arasında yatan hastalardan laboratuvarımıza gönderilen kan kültürü örneklerinden izole edilen 115 adet C. parapsilosis kompleks izolatı çalışmaya dahil edildi. İzolatların flukonazol duyarlılığı gradient E test yöntemiyle belirlenmiş olup, minimum inhibitör konsantrasyon değerleri European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing önerilerine göre değerlendirildi. Candida parapsilosis kompleks izolatlarının alt tür tayini polimeraz zincir reaksiyonu (PCR)- restriction fragment lenght polymorphism yöntemiyle araştırılmıştır. İzolatlar arasındaki klonal ilişkileri araştırmak amacıyla arbitrarily primed -PCR, pulsed field gel electrophoresis- elektroforetik karyotiplendirme (PFGE-EK), PFGE-restriksiyon enzim analizi (PFGE-REA) yöntemleri kullanıldı. Yöntemlerin ayrım gücü Hunter ve Gaston'un geliştirdiği formül ile hesaplandı. Çalışmamızda 115 C. parapsilosis kompleks izolatının AP-PCR yöntemi ile 34 farklı genotip, 15 kümeye; PFGE-REA ile 39 farklı genotip, 20 kümeye; PFGE-EK yöntemi ile 69 farklı genotip, 25 kümeye ayrıldığı saptandı. Yöntemlerin ayrım gücü AP-PCR için D=0.9393, PFGE-REA için D=0.9492, PFGE-EK için D=0.9875 olarak belirlendi. Sonuç olarak PFGE-EK yönteminin ayrılabilirlik indeksinin daha yüksek olduğu ve bu yöntemle daha fazla genotip tanımlandığı görülmüştür. Bu sonuçlar ile C. parapsilosis'e bağlı salgınlarından şüphelenildiği durumlarda salgın analizinde PFGEEK yönteminin uygun bir seçenek olarak düşünülebileceği gösterilmiştir.