Klinik örneklerden nadir olarak izole edilen ve tanımlanması zor mikroorganizmaların identifikasyonunda kütle spektrometrisi ile dizi analizi yönteminin uyumunun araştırılması

GİRİŞ VE AMAÇ: Bu çalışmada klinik örneklerden nadir olarak izole edilen, tanımlanması zor mikroorganizmaların identifikasyonunda kütle spektrometrisinin (KS) analitik ve pratik performansının değerlendirilmesi ve 16S rRNA dizi analizi yöntemi ile uyumunun araştırılması amaçlanmıştır. YÖNTEM: Çalışmaya klinik numunelerden izole edilen, nadir karşılaşılan, alışılmadık morfolojik/biyokimyasal özelliklere sahip, KS tarafından tanımlanmış 116 bakteriyel suş ile tanımlanamayan 10 suş olmak üzere 126 suş dahil edildi. Dondurularak (-80°C) saklanan suşlardan nükleik asit izolasyonu, 16S rRNA PCR, Sanger dizileme yapıldı. Dizileme ve BLAST analizi ile elde edilen benzerlik yüzdelerine göre 3 farklı tanımlama kriteri (TK) oluşturuldu ve KS sonuçları bu kriterlere göre karşılaştırıldı. BULGULAR: Kriterlere göre cins/tür düzeyinde uyumlu/uyumsuz suş oranları değişiklik gösterdi. Tür düzeyinde tanımlama için ≥%99, cins düzeyinde tanımlamada ≥%97 benzerlik oranı sınır değer kabul edildiğinde (TK 1); cins düzeyinde %73.8, tür düzeyinde %32.5 oranında uyum saptandı. Tür tanımlamada ≥%97, cins tanımlamada ≥%95 benzerlik oranı sınır değer kabul edildiğinde (TK 2); cins düzeyinde %77.7 tür düzeyinde %59.5 uyum saptandı. Tanımlama için herhangi bir sınır değer belirlenmediğinde (TK 3); cins düzeyinde %80.1, tür düzeyinde %65.1 uyum saptandı. Her üç kriterde de cins düzeyinde yanlış tanımlama oranı %10.3 idi. SONUÇ: Çalışmamızda üç farklı kriter oluşturularak sonuçlar değerlendirilmiş olup, bu yönüyle literatürde ilk çalışma olma özelliği taşımaktadır. KS ile dizileme uyum oranları TK1'de düşük olduğu; TK 2'de kısmen daha yüksek olduğu; TK 3'de ise en yüksek uyum oranlarının olduğu saptanmıştır. KS ve dizi analizi yöntemlerinin sağlıklı bir şekilde kıyaslanabilmesi için standart tanımlama kriterlerinin belirlenmesine ihtiyaç vardır. KS yöntemi ile birkaç dakika gibi çok kısa bir sürede bakterilerin tanımlanabilmesi büyük bir kolaylık sağlamaktadır. Dizileme yöntemlerinin pahalı ve zaman alıcı olması ile yoğun iş yükü gerektirmesi ve günlük rutin kullanıma girememesi gibi yönleri dikkate alındığında; sıklıkla izole edilen bakterilere ilaveten nadir saptanan, tanımlanması zor suşlarda da KS'nin kullanımı büyük yarar sağlamaktadır. Bu konuda daha kapsamlı araştırmalara ihtiyaç vardır.