Co-expression Pairs and Modules (CoEX-PM): A Shiny application and an example case study on chromogranins

Gen ekspresyon profillerinin, özellikle alternatif metodlar yetersiz ve etkisiz kaldığında, etkin tümörijenez ve metastaz bio-belirteçleri oldukları kanıtlanmıştır. Bununla birlikte, yüksek verimli protokoller aracılığıyla elde edilen büyük veri kümelerini analiz ederek gen ekspresyon profilleri bulmaya çalışmak zorlu olabilir. R programlama dilinde bu tip analizleri kolaylaştıran çok sayıda yazılım paketi ücretsiz kullanıma açık şekilde yer almaktadır. Fakat, R'yi etkili bir şekilde kullanmak için gerekli olan nispeten sarp öğrenme eğrisi, bu paketlerin kullanılmasını kimi zaman engellemektedir. Bu tez kapsamında R programlama dili ve shiny paketini kullanarak CoEX-PM aplikasyonunu geliştirdim. CoEX-PM uygulaması, insan Affymetrix mikrodizi verilerini kullanır ve kullanıcıların çift yönlü korelasyon grafikleri oluşturmasına, kullanıcı tarafından seçilen GEO veri kümeleriyle meta-korelasyon analizi gerçekleştirmesine ve ilgili genler için WGCNA programı ile birlikte ko-ekpresyon gen modülleri oluşturmasına olanak tanır. CoEX-PM tüm bu analizleri gerçekleştirmesi için kullanıcıya bir arayüz sağlar, bu nedenle herhangi bir kodlama bilgisi veya tecrübesi gerektirmemektedir. Pheochromocytoma (PCC) ve nöroblastoma (NB), sırasıyla yetişkinlerde ve çocuklarda sık görülen nöral-krest kaynaklı tümörlerdir ve her ikisi de yüksek oranda morbidite ve mortalite ile ilişkilidir. Ek olarak, her iki tümör tipi de nöroendokrin tümör (NET) özelliklerini gösterir. Kromogranin A (CgA), orta derecede hassas ve spesifik olmayan bir nöroendokrin tümör markörü olarak rapor edilmiştir. Kromogranin ailesinin 7 üyesi vardır, bunlardan üçü kromogranin (CgA), kromogranin B (CgB) ve sekretogranin II (SgII) veya kimi zaman kromogranin C (CgC) olarak adlandırılır. Kromogranin / secretogranin aile üyelerinin PCC ve NB'de farklı ko-ekspresyon şekilleri gösterip göstermedikleri bilinmemektedir. Bu tezde, nöroendokrin tümör veri kümeleri üzerinde CoEX-PM uygulaması kullanılarak kromogranin / secretogranin paralog gen ailesinin gen ekspresyon imzaları analiz edilmiş, gen ağlarındaki ko-ekspresyon derecesi araştırılmıştır. Bulgular, kromogranin ekspresyon seviyesi ile bağlantılı, PCC ve NB'de özlü ve yüksek düzeyde birlikte ifade edilen fonksiyonel bileşenlerin varlığını göstermektedir.