Identification of genomic and transcriptomic variants in chordoma cancer stem cells

Embriyonik notokord kalıntılarından köken aldığı bilinen kordoma, nadir görülen bir kemik tümörüdür. Kordoma için güvenilir bir tedavi yaklaşımı henüz geliştirilemediğinden, kordoma patogenezinde etkili olan faktörlerin belirlenmesi, hastalığın anlaşılması ve tedavi için yeni hedefler geliştirebilmek açısından büyük önem arz etmektedir. Bu tez çalışmasında, kordoma kanser kök hücrelerindeki genomik varyantlar moleküler yolaklar incelenmiştir. Bu amaçla ilk olarak 4 farklı kordoma hücre hattında kordoma tümör küreleri, yan popülasyon hücreleri ve CD133+/CD15+ ikili pozitif kordoma hücreleri alınarak köklülük ve epitel-mezenkim geçişi işaretçilerinin ifadesi bakımından karşılaştırılmışlardır. İncelenen teknikler arasında tümörküre kültürlerinin dört hücre hattı için de zenginleştirme için kullanılabileceği tespit edilmiştir. Sonrasında kordoma tümörkürelerinde genomik varyantlar ve diferansiyel gen ifade profilleri yeni nesil DNA dizileme ve total transkriptom mikrodizin teknikleriyle belirlenmiştir. Kontrol hücrelere göre kordoma tümörkürelerinde etkilenmiş yolakların belirlenmesi ve etkilerinin değerlendirilmedi için fonksiyonel zenginleştirme analizleri gerçekleştirilmiştir. Son olarak SEMA5A, TPD52L1 ve GAPLINC genlerinin ifadeleri iki kordoma hücre hattında susturularak invazyon, göç ve canlılık üzerine etkileri incelenmiştir. Sonuçlar siRNA ile inhibe edilen TPD52L1 ifadesinin kordoma hücre hatlarında hem göç hem de invazyonu engellediğini; SEMA5A ifadesinin baskılanmasının UM-Chor1 hücrelerinin hem göç hem de invazyon yeteneklerini engellediğini, MUG-Chor1 hücrelerinin ise yalnızca invazyon kapasitesini anlamlı şekilde düşürdüğünü göstermiştir. Ek olarak, GAPLINC ifadesinin susturulması ile UM-Chor1 hattında migrasyon ve invazyon anlamlı şekilde azaldığı, ancak MUG-Chor1 hücrelerinin etkilemediği tespit edilmiştir. Bu çalışma, tümörküre kaynaklı kordoma kanser kök hücrelerinde genomik ve transkriptomik değişikliklerin incelenmesi ve TPD52L1 ile SEMA5A genlerinin kordomaların göç ve invazyon kapasiteleri üzerindeki etkisinin gösterilmesi bakımından literatürde bir ilk teşkil etmektedir.