Stem cells
254 theses under this subject heading
Hematopoetik kök hücre nakli farkındalığının üniversite öğrencilerinde gönüllü verici olma durumuna etkisi
Bu çalışma, hematopoetik kök hücre nakli farkındalığının üniversite öğrencilerinde gönüllü verici olma durumuna etkisini belirlemek amacı ile, tek gruplu ön test-son test tasarımlı yarı deneysel olarak planlandı. Araştırma, Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi'nde 2018-2019 eğitim-öğretim döneminde kampüs sınırları içerisinde ulaşılabilen ve kurum izni alınan fakülte, yüksekokul ve meslek yüksekokullarına devam eden öğrenciler ile yapıldı. Yaşları 18-25 arasında olan ve çalışmaya katılmayı kabul eden 1216 öğrenci araştırmanın örneklemini oluşturdu. Araştırmanın verileri; araştırmacılar tarafından hazırlanan anket ile toplandı. Anket üç bölümden ve toplam 46 sorudan oluşmaktadır. Demografik özellikler, hematopoetik kök hücre nakli hakkında bilgi soruları ve katılımcıların tutumlarını ölçen sorular ile bağış motivasyonunu etkileyen çoklu seçenekli sorulardan oluşmaktadır. Anket formunun uygulanmasının ardından katılımcılara verilen eğitim sonrası bilgi ve tutum sorularından oluşan form tekrar uygulandı. Verilerin değerlendirilmesinde, ortalama, standart sapma, medyan, frekans, minimum, maksimum, Mann-Whitney U, Kruskal-Wallis, Pearson ki-kare, Spearman's korelasyon testleri kullanıldı. Sonuçlar %95'lik güven aralığında, anlamlılık p<0,05 düzeyinde değerlendirildi. Araştırma kapsamındaki katılımcıların yaş ortalaması 20,34±1,62, %67,8'i kadın ve %82,5'i lisans eğitimi almaktadır. Öğrencilerin hematopoetik kök hücre nakli ile ilgili bilgi puan ortalaması eğitim öncesinde 28,72±22,01 iken; eğitim sonrasında 81,41±15,90 olarak hesaplanmıştır. Öğrencilerin eğitim öncesine göre eğitim sonrası hematopoetik kök hücre nakli bilgi puanındaki ortalama 52,68±24,35 birimlik artış istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p<0,01). Türkiye'deki hematopoetik kök hücre bağışçı ihtiyacının farkındalığı eğitim öncesinde %51,9 iken eğitim sonrasında %92,1'e yükselmiştir. Eğitim öncesi öğrencilerin %25,5'i hematopoetik kök hücre bağışı yapmayı kesinlikle istediğini belirtirken, eğitim sonrası bu oran %45,9'a çıkmıştır. Öğrencilerin cinsiyetlerine ve okuduğu bölümlerine göre hematopoetik kök hücre bağışı yapmayı istemeleri arasında eğitim öncesi ve sonrasında istatistiksel olarak anlamlı farklılık saptandı (p<0,01). Araştırmada öğrencilerin hematopoetik kök hücre nakli konusunda bilgi düzeylerinin yetersiz olduğu, verilen eğitimin hematopoetik kök hücre bağışına ilişkin bilgi ve tutumlarına olumlu etkisi olduğu sonucuna varıldı.
MikroRNA-21 baskılanmış meme kanseri kök hücrelerinin insan kemik iliğinden izole edilen telositler ve telosit kaynaklı mitokondriler ile ko-kültürü
Bu tez çalışmasının amacı, meme tümöründe de tanımlanmış telositlerin ve telosit kaynaklı mitokondrilerin, meme kanseri kök hücrelerinin tümör gelişimine katkısının miR-21-5p'in üzerinden incelenmesidir. Bu tez çalışması kapsamında, ilk olarak insan kemik iliği mononükleer hücrelerinden CD34 ve CD117 pozitif telositlerin izolasyonu yapılarak akım sitometri, immün floresan boyama ve TEM analiz yöntemleri ile karakterizasyonu gerçekleştirildi ve telosit hücrelerinden mitokondriler izole edilerek immün floresan boyama ile karakterize edildi. Sonraki aşamada MDA-MB-231 meme kanseri hücre hattından CD24- ve CD44+ kanser kök hücreleri izole edilerek akım sitometri ile karakterizasyonları yapıldı. Ardından kanser kök hücrelerinin miR-21-5p ifadeleri anti-miR-21-5p inhibitörünün transfeksiyonu ile baskılandı. Yapılan ko-kültür çalışmalarıyla kemik iliği kökenli telositlerin ve mitokondrilerin miR-21-5p baskılanmış kanser kök hücre idamesindeki rollerini incelenmek üzere vimentin ve ALDH1A1 protein seviyelerindeki değişimler Western Blot ile analiz edildi. SNAI1, LZTFL1, OCT3/4, ABCC11, CHD1 (E-Kaderin) ve CHD2 (N-Kaderin) gen ekspresyon değişimleri RT-qPCR yöntemi ile değerlendirildi. İzole edilen telositler CD44/CD117/α-SMA/CD31/CD45 ve CD34 yüzey belirteçlerini ifade ettiği, aynı zamanda vimentin ve PDGF-β'ya pozitif oldukları görüldü. Telositlerden izole edilen mitokondriler immünfloresan boyama ile takip edildi. Kanser kök hücrelerinin izolasyonu ve karakterizasyonu sonucunda miR-21-5p inhibisyonu gerçekleştirildi ve miR-21-5p gen ifadesinin inhibitör kontrole göre 132 kat azalmış olduğu RT-qPCR ile doğrulandı. Telositlerin ve mitokondrilerin miR-21-5p inhibe edilmiş kanser kök hücreleri ile ko-kültür sonrasında ise miR-21-5p, SNAI1, ABCC11, N-Kaderini, vimentin ve ALDH1A1 ifadelerinin düştüğü; E-Kaderin ve LZTFL gen ifadelerinin artığı saptandı. Bu tez ile ilk defa meme kanserinin ilerlemesinde telositlerin ve telosit kaynaklı mitokondrilerin miR-21-5p üzerinden EMT geçişini düşürebileceğini ve kanser metastazını azaltıcı bir etki gösterebilme potansiyeli bulunabileceğini gen/protein seviyesindeki analizlerle ortaya konmuştur.
Otolog hematopoietik kök hücre nakli yapılan hastalarda BT/PET-BT ile sarkopeni varlığının değerlendirilmesi ve prognostik öneminin araştırılması
Bu çalışmada otolog nakil yapılan hematolojik veya solid tümörü bulunan hastalarda nakil öncesi çekilmiş abdomen bilgisayarlı tomografi/ pozitron emisyon tomografi ile sarkopeni sıklığına bakılması ve sarkopeni bulunmasının prognoz ile ilişkisinin retrospektif olarak değerlendirilmesi amaçlandı. Kriterlere uygun 139 hasta çalışmaya dahil edildi. 121 hasta (%87,1) hematolojik, 18 hasta ( %12,9) solid maligniteye sahipti. 101 hasta (% 72,7) tanı anında ileri evrede iken, 38 hasta (% 27,3) erken evrede idi. Tanı anında ileri evre kanser varlığının sarkopeni gelişme riskini artırdığı ( HR: 2,374 , %95 GA: 1,374-4,103, p=0,002 ), vücut kitle indeksinde artışın sarkopeniye karşı koruyucu olduğu ( HR: 0,934, %95 GA: 0,889-0,980, p=0,006 ) bulundu. Nakil öncesi sarkopeni varlığının tüm kohortta genel sağkalım ile ilişkisi bulunamadı (p= 0,139) ; ancak erkek hastalarda nakil öncesi sarkopeni varlığı (HR: 1,971 , %95 GA: 1,022- 3,802, p=0,043) daha kısa genel sağkalım ile ilişkili bulundu. Tüm kohortta nakil öncesi sarkopeni ( HR: 1,848 , %95 GA:1,127-3,029, p=0,015), solid tümör varlığı ( HR: 2,732, %95 GA: 1,434-5,205, p=0,002) ve izlemde yoğun bakım ünitesinde yatış öyküsünün ( HR: 2,457 , %95 GA: 1,446-4,175, p=0,001) daha kısa progresyonsuz sağkalım ile ilişkili olduğu bulundu. Solid tümör, nakil öncesi yüksek prokalsitonin, düşük albümin, yatışta nötropenik ateş ve izlemde yoğun bakım yatış öyküsünün daha kısa genel sağkalım ile ilişkili olduğu bulundu . Nakil öncesi sarkopeni ( HR: 2,888, %95 GA: 1,071- 7,888, p=0,036) ve hipoalbumineminin ( HR: 3,093, %95 GA: 1,302-7,348, p=0,011) septik şok ilişkili ölüm riskini arttırdığı görüldü. Bu çalışma sarkopeninin prognoza etkisinin araştırıldığı otolog nakil yapılmış solid tümörlü hastaları da içeren ilk çalışmadır. Özetle otolog nakil öncesi sarkopeni progresyonsuz sağkalımı kısaltan, septik şok ile ilişkili ölüm riskini artıran, prognoza etki eden önemli bir faktördür. Nakil öncesi yapılan görüntülemelerde sarkopeni varlığının değerlendirilmesi klinik karar verme ve nakil prognozunu öngörmede yardımcı olabilir.
Investigating the effects of PKNOX2 and its interactors in P53 pathway regulation in bone marrow mesenchymal stem cells
Mesenchymal Stem Cells (MSC) are good platforms to study in-vitro molecular mechanisms. Like all cells, MSCs detect and respond to various stimuli with molecular signal mechanisms. p53 signal pathway is a well-known molecular mechanism for transduction of cellular stresses such as DNA damage. p53 signal pathway is heavily regulated in both transcription and post-translational modification of its elements. PKNOX2, a member of TALE homeodomain protein family, is a transcriptional activator of p53. In a previous study by Günel-Özcan lab group, protein interactors of PKNOX2 were determined by proteomics analysis following Co-immunoprecipitation. For this study, the interactors of PKNOX2 from proteomics was compared with the interactors of p53 obtained from BioGRID database and two proteins, DNAJA1 and RPS3 were selected as possible common interactors with possible signaling functions under stress conditions. In this study, three different sources of DNA damage stress, H2O2, DEB and γ-Irradiation were applied to human Bone Marrow Mesenchymal Stem Cells (BM-MSC) and protein expression levels of DNAJA1, RPS3, p53 and PKNOX2 were measured with western blotting. PKNOX2 expression was found to be decreasing in DEB and γ-Irradiation significantly, p53 expression was found to be increasing in H2O2 application significantly. Expression levels of RPS3 and DNAJA1 were found to be stable under stress. Co-Immunoprecipitation was performed with anti-PKNOX2 and anti-p53 antibodies but the results were inconclusive for any interactions. Co-immunoprecipitation protocol was improved. Further study with this improved protocol is needed to unveil these interactions.
Hematopoetik kök hücre nakli yapılan bireylerde yaşam kalitesi ile ilişkili faktörlerin belirlenmesi
Kayıkcı Gül, E., Hematopoetik Kök Hücre Nakli Yapılan Bireylerde Yaşam Kalitesi ile İlişkili Faktörlerin Belirlenmesi, Hacettepe Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Cerrahi Hastalıkları Hemşireliği Programı Yüksek Lisans Tezi, Ankara, 2023. Araştırma hematopoetik kök hücre nakli (HKHN) yapılan bireylerde yaşam kalitesi ile ilişkili faktörlerin belirlenmesi amacıyla tanımlayıcı ve kesitsel olarak yapılmıştır. Araştırmanın evrenini, Dr. Abdurrahman Yurtaslan Onkoloji Hastanesi Kemik İliği Nakil Ünitesinde araştırma tarihinden en az 2 ay önce HKHN yapılan hastalar oluşturmuştur. Araştırma, örnekleme dâhil edilme kriterlerini karşılayan evreni bilinen örneklem hesabı ile çalışmaya 80 hasta dâhil edilmiştir. Araştırmanın verileri, "Hasta Tanıtıcı Bilgi Formu" ve "Kanser Tedavisi Fonksiyonel Değerlendirme Ölçeği- Kemik İliği Transplantasyonu" formları kullanılarak yüz yüze görüşme yoluyla toplanmıştır. Verilerin istatistiksel analizinde tanımlayıcı istatistikler (sayı, yüzde, ortalama, standart sapma, medyan), Kruskal Wallis, Mann Whitney-U testleri kullanılmıştır. Hastaların tamamı yorgunluk ve anksiyete yaşadığını aktarmıştır. Kilo kaybı, uyku düzeninde bozulma, ağrı, tat kaybı ve cinsel fonksiyonlarda bozulma en sık bildirilen semptomlar iken, kaşıntı, baş dönmesi en az görülen semptomlar olduğu belirlendi. FACT-BMT toplam ölçek puanı (89,84±24,99) hastaların yaşam kalitesinin orta düzeyde etkilendiğini göstermektedir. HKHN uygulanan hastalarda en az düzeyde etkilenen yaşam kalitesi alanının Sosyal Yaşam ve Aile Durumu alt boyutu (21,41±4,92) olduğu belirlendi. Faaliyet Durumu (14,60±6,64), Duygusal Durum (15,75±6,41) ve Bedeni Durum alt boyutlarının (18,50±7,65) en olumsuz etkilenen yaşam kalitesi alanı olduğu bulundu. Hastaların eğitim düzeyi, medeni durumu, gelir durumu gibi sosyodemografik özellikler ile nakil sonrası hastaneye tekrar yatış öyküsünün olması ve kalış süresinin uzaması gibi tedavi süreci özelliklerinin yaşam kalitesini etkilediği belirlendi (p<0,05). Çalışma sonuçlarına göre, HKHN sonrası hastaların yaşam kalitelerini etkileyen faktörlerin belirlenmesi, sürecin yönetiminde fiziksel, sosyal, duygusal açıdan bütüncül yaklaşımla değerlendirerek, problemlerin giderilmesi ve hemşirelik bakımı ile hasta yaşam kalitelerin iyileştirilmesi önerilmektedir.
Allojenik mezenkimal kök hücreler ve mikroakışkan sistemle vücut dışında testisteki spermatogonyal kök hücre mikroçevresinin devamlılığının sağlanması
Prepubertal kanser vakalarında kemo ve radyoterapi uygulamaları nedeniyle erkek hastaların yarısında infertilite görülmektedir. Kemik iliği kaynaklı mezenkimal kök hücrelerin (KİMKH) Sertoli hücreleriyle proliferatif faktörler salgılama karakterleri ve embriyonik kökenleri ortaktır. Mikroakışkan sistemleri (MaS), vücutta mikrovasküler akışı modelleyen yüksek teknolojik tıbbi cihazlardır. Tez çalışmasıyla geliştirilen MaS'ta KİMKH salgıları kullanılarak spermatogonyal kök hücrelerin (SKH) proliferasyonu ve farklılaştırılması hedeflenmiştir. Çalışma; disiplinler arası, rastgele seçilmiş, kontrol grubu içeren, ileriye yönelik in vitro deneysel araştırma şeklinde yürütülmüştür. Bağımlı değişkenler ölçüm parametreleri, bağımsız değişkenler MaS, asılı damla (AD) sistemleri; KİMKH salgılarının kullanılıp kullanılmadığı gruplar ve zamandır (7, 28 ve 42 gün). Histokimyasal boyamalara göre tübül epiteli kalınlığı, lümen çapı, spermatogonyum, spermatosit ve spermatid sayısı KİMKH salgısı kullanılan gruplarda kullanılmayan gruplara göre; MaS gruplarında AD gruplarına göre daha yüksektir (p<0.05). SALL4 immün işaretli SKH sayısının KİMKH ve MaS gruplarında kontrol gruplarına göre yüksek olduğu ortaya konmuştur (p<0.05). PLZF, c-Kit ve VASA işaretlemeleri ile sırasıyla SKH, spermatojenik seri hücreleri ve germ hücreleri akım sitometrisi ile değerlendirilerek histokimyasal ve immünhistokimyasal işaretlemelerin sonuçları doğrulanmıştır (p<0.005). KİMKH-KB ve MaS kullanımında 7, 42. günlerde testosteron seviyesinde kontrol gruplarına göre artış görülmüştür (p<0.005). Çalışmadan elde edilen verilerle KİMKH salgılarıyla desteklenen MaS'ta testis kültürünün, yenidoğan farede in vitro spermatogeneze olumlu etkisi ortaya konmuştur. Gerçekleştirilen özgün tasarım ve cihaz üretimi, ülkemizin önemli bir sağlık sorununda yurt dışına bağımlılığı azaltarak sağlık ekonomisine yeni bir çözüm sunacak bir model oluşturmuştur.
İnsan somatik hücrelerinin uyarılmış plüripotent kök hücrelere yeniden programlanması sürecinde arilhidrokarbon reseptörü sinyalizasyonundaki değişimlerin incelenmesi
Somatik hücrelerin in-vitro ortamda yeniden programlanarak uyarılmış pluripotent kök hücrelerin (uPKH) geliştirilmesi, hastalık modelleme, ilaç araştırmaları için önemli fırsatlar sunmaktadır. Somatik hücrenin plüripotentliğe doğru de-diferansiyasyonla yeniden programlanma (Reprogramming, YP) sürecinde etkili mekanizmaların aydınlatılması ve optimal koşulların oluşturulmasına yönelik bilgi ve deneyim kazanılması gerekmektedir. Bu tez çalışması, uPKH'lerin YP aşaması ve kültürde çoğaltma sürecinde, bir zenobiyotik reseptörü olan ve hücre kaderinin yönlendirilmesinde kilit rol oynayan Arilhidrokarbon Reseptör (AhR) sinyalizasyonunun değişimleri araştırmak üzere planlanmıştır. AhR sinyalizasyonunun yeniden programlanma sürecindeki değişimlerinin incelenmesi amacıyla yapılan deneylerde başlangıç hücresi olarak mezenkimal kök hücreler kullanılmış, OSKM faktörlerinin aktarımı epizomal plazmitlerin elektroporasyonuyla gerçekleştirilmiştir. Yeniden programlanmanın ilk yedi günlük süreci ve ardından belirlenen zaman aralıklarında ve ileri pasaj uPKH'lerde, hücrelerin morfolojik değişimleri ve AhR sinyalizasyonu ilişkili gen/protein ifadeleri, somatik hücre/MKH kimliğinin kaybı, mezenkimal-epitelyal geçiş (MET) ve plüripotensi-ilişkili gen ifadeleri araştırılmış, ayrıca AhR agonist (FICZ) ve antagonist (StemRegenin-1) kullanımı ile ön deneyler yapılmıştır. MKH'lerin YP sürecinde AhR ve ilişkili moleküllerin uyarıldığı gözlemlenmiştir. İleri pasaj uPKH'lerde ise AhR gen ifadesinin baskılandığı, AHRR ve pluripotensi ile artan IDO-1 (İndoleamin-pirol 2,3-dioksijenaz)'in ifadesinin arttığı gösterilmiştir. Bu bulguların, hücre biyolojisi ve köklülük durumunun belirlenmesinde AhR sinyalizasyonunun regülatör rolünü düşündürmüştür. Anahtar Kelimeler: Uyarılmış plüripotent kök hücre, yeniden programlama, zenobiyotik, plüripotensi, Aril hidrokarbon Reseptörü (AhR). Bu çalışma Hacettepe Üniversitesi BAP, TYL-2022-19977 No.lu proje kapsamında desteklenmiştir.
Podosit hasar modelinde indüklenmiş mezenkimal kök hücrelerin etkisi
Mezenkimal Kök Hücre (MKH) tedavisi, bu hücrelerin kendini yenileyebilme, multipotent ve immünmodülasyon özellikleri yanı sıra reddedilme risklerinin düşük olması ile, Fokal Segmental Glomerüloskleroz (FSGS) gibi progresif yıkıcı hastalıkları için önemli bir terapötik seçenek olabilir. Podosit hasarı nedeniyle böbrek yetmezliğine ilerleme potansiyeli olan FSGS'nin tedavisinde kullanılan kortikosteroid ve diğer immunosupresif ilaçlar kısmen işe yaramakta, son dönem böbrek yetmezliği nedeniyle böbrek transplantasyonu olan hastalarda ise nakil sonrası hastalık tekrar nüks edebilmektedir. Bu tez çalışmasında insülin büyüme faktörü-1 (IGF-1) ve hepatosit büyüme faktörü (HGF) ile MKH'lerin indüklenmesinin (IGF-1+HGF_MKH), MKH'lerin terapötik etkisini güçlendireceği hipotezini test etmek için puromisin aminonüklozid (PAN) ile in vitro ve in vivo podosit hasar modeli üzerinde IGF-1+HGF_MKH etkisinin incelenmesi planlandı. Öncelikle IGF-1+HGF_MKH'lerin detaylı karakterizasyonu yapıldı. IGF-1+HGF_MKH'lerin CD200, CD271, CD184/CXCR4, SSEA4 tümörojenite ile ilişkili belirteçlerini ifade etmediği, yara çizgisinde daha hızlı kapanış, IDO-1 ve TGF-β gen ifadelerinde, pikolinik asit metaboliti, IL-6, MCP-1 ve anjiojenin salgı düzeylerinde artış gözlendi. In vitro PAN hasarı yapılmış podosit hücreleri üzerinde IGF-1+HGF_MKH'nin bozulmuş podosit aktin hücre-iskeleti yapısını düzelttiği, podosite özel INF2 gen ifadesini artırdığı görüldü. In vivo sıçan FSGS modelinde IGF-1+HGF_MKH uygulamasının konvansiyonel MKH'lere göre proteinüriyi daha fazla azalttığı ve ultrastrüktürel olarak slit diyafram kayıplarını geri döndürdüğü saptandı.
Amerika ve Avrupa patent sistemleri ışığında biyoteknolojik buluş kapsamında Türk hukuku'nda kök hücrenin patentlenebilmesi
Biyoteknolojik gelişmeler son dönemde tüm dünya ülkelerinde hız kazanmış ve dolayısı ile bu kavramın alt dalı olan kök hücreler de bu hızlanmadan nasibini almıştır. Diğer yandan teknolojik gelişmelerin mülkiyet hakkı kapsamında hukuki yansıması olan patent korumasının kök hücre buluşlarının patentlenmesi açısından hala tartışma konusu olduğunu söylemek mümkündür. Bu çalışmada öncelikle Amerikan Patent Sistemi ve kök hücre buluşlarının sistem içerisindeki yeri, Avrupa Patent sistemi ve kök hücre buluşlarının sistem içerisindeki yer incelenmiştir. Bulunan bilgiler ışığında Amerika'da serbest olan kök hücre çalışmalarının patentlenebilirliği, Avrupa'da insan embriyosundan elde edilip edilmemesine yönelik tartışmalara mahal vermiştir. Daha sonra Türkiye'de insan embriyosundan kaynaklanmayan kök hücrelerin patentlenebilir olup olmamasına ilişkin herhangi bir düzenleme olmadığı belirlenmiş ve insan embriyosu tanımının da yapılmasının önemi üzerinde durulmuştur. Düzenleme ve tanımlamanın niçin gerekli olduğu tartışılmıştır. İnsan embriyosundan elde edilmeksizin üretilen ya da insana dönüşmeye elverişli olmayan embriyolardan elde edilen kök hücre çalışmaları sonucunda ortaya çıkan ürün ve usullerin Türkiye mevzuatında da düzenlenmesi ve patentlenebilir olmasına izin verilmesi uluslararası mevzuat ve ülkesel gelişim anlamında faydalı görünmektedir.
İnsan göbek kordon veni CD146+ hücrelerin ve bu hücrelerden elde edilen matriks proteinlerinin in vitro biyofilm modellerinde değerlendirilmesi
Yaraların tedavilerinde antimikrobiyal etkileri olan hücrelerin veya hücrelerden arındırılmış deselülerize matrikslerin yara bölgesine uygulanması son yıllarda dikkat çekmektedir. Bu tez çalışmasının amacı, antimikrobiyal etkiye sahip olabileceği düşünülen CD146+ kök hücrelerin ve bu hücrelerden elde edilen ekstraselüler matriks proteinlerinin (deselülerize matriks) in vitro biyofilm modellerinde değerlendirilmesidir. Bu tez çalışması kapsamında, CD146+ kök hücrelerin karakterizasyonu; hücre yüzey belirteçlerinin tayini ve farklılaşma analizleriyle, deselülerize matriksin karakterizasyonu; histolojik/immünfloresan boyamalar ve proteom analizleri ile belirlendi. CD146+ kök hücrelerin, biyofilm oluşumuna katkısını gözlemleyebilmek için, Pseudomonas (P.) aeruginosa ve Staphylococcus (S.) aureus bakterileri ile ko-kültürleri yapılarak hücre canlılık ve proliferasyonları WST-1, Annexin V/PI ve kristal viyole ile değerlendirildi. Aynı zamanda CD146+ kök hücrelerin, olası antimikrobiyal etkilerinin gözlemlenmesi amacıyla disk difüzyon yöntemi kullanıldı. CD146+ kök hücrelerin ve deselülerize matriks proteinlerinin biyofilm oluşumuna etkileri damlamalı akış modelinde test edilerek biyofilm oluşumunda görev alan genlerin ekspresyon seviyeleri kantitatif reverse transkriptaz-PZR yöntemiyle belirlendi. Elde edilen veriler sonucunda; CD146/105+ kök hücrelerin adipojenik yönde farklılaşabildiği ancak osteojenik farklılaşma kapasitelerinin bulunmadığı saptandı. Deselülerize matriks karakterizasyonu, DAPI ve Masson-Trikrom boyamaları ile tayin edildikten sonra proteom analizleriyle matriks bileşenlerinde kollajen, glikoprotein, proteoglikan ve büyüme faktörleri saptandı. Bakteri + hücreli/deselülerize kültürlerde, bakterilerin proliferasyonlarını arttırdıkları gözlemlendi. P. aeruginosa ve S. aureus kullanılarak tasarlanan biyofilm modelinde, deselülerize yapının P. aeruginosa biyofilm oluşumunu anlamlı olarak azalttığı, S. aureus için ise hücreli gruba kıyasla deselülerize grupta anlamlı bir fark bulunmadığı belirlendi. Gen ekspresyon analizi sonuçlarına göre, P. aeruginosa biyofilm ile ilişkili genlerden rhlR ve LasR için anlamlı azalım saptanmış olup, bu biyofilm hücre sayım sonuçlarını destekler niteliktedir. S. aureus' un tutunma genleri olan icaADBC genlerinin hepsi deselülerize grupta yüksek oranda eksprese edilmiştir. Bu tez çalışması, hedeflenen amaç doğrultusunda insan kaynaklı fetal kök hücrelerin ve onlardan elde edilen matriks proteinlerinin klinik uygulamalarda önemini ortaya koyan ilk çalışmadır. Anahtar kelimeler : CD146+ hücreler, kök hücreler, biyofilm, ekstraselüler matriks proteinleri, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, göbek kordonu.
Kahverengi alabalığından (Salmo trutta, Linneaus 1766) oogoniyal kök hücre izolasyonu ve kültürü
Bu tezde, dişi Dağ alabalıklarında, Salmo trutta macrostigma, (Salmo trutta, Linneaus 1766) oogoniyal kök hücre izolasyonu ve kültürü için pratik bir yöntem geliştirilmiştir. İlk olarak, oogoniyal kök hücre izolasyon ve kültüründe kullanılan S.t. macrostigma dişi balıklarının ortalama yaş, boy ve ağırlıkları sırasıyla 2,5-3 aylık, 14,65±1,66cm, boy 28,22±7,79g ağırlığında olarak kaydedilmiştir. İkincil olarak ovaryumların morfolojik ve histolojik durumları değerlendirilmiştir. Son olarak S.t. macrostigma oogoniyal kök hücreleri için izolasyon ve kültür şartları optimize edilmiştir. Perinukleolar aşamada olan gonadlarda en yoğun miktarda oogoniyal kök hücre olduğu saptanmıştır. Oogoniyanın yaşama oranı ve mitotik aktivitesi L-15 kültür vasatında, % 5'lik S.t. macrostigma serumu ile (kültür ortamı pH, 7,65; sıcaklık 20ºC) geliştirilmiştir. Hücrelerin izolasyonu sonucunda, oogoniyal kök hücre yoğunluğu 5,4*105 ±2,6*105 hücre/ml olarak, oogoniyal kök hücre hacmi ise 13,5 ml olarak hesaplanmıştır. Tezde, S.t. macrostigma için taşıyıcı anaç teknolojisinde ve hücre gen transfer sistemlerinde kullanılabilecek hücre hattı geliştirilmiştir. Oogoniyal kök hücre kültürü sonucunda transplantasyonda kullanılacak hücre miktarı 2,7*106 ± 1,3*106 olarak önerilmiştir.
Hematopoetik kök hücre transplantasyonu uygulanan bireylerde sağlıklı yaşam biçimi davranışları ve yaşam kalitesinin incelenmesi
Araştırma hematopoetik kök hücre transplantasyonu uygulanan bireylerde altı ay ve sonrasında sağlıklı yaşam biçimi davranışları ve yaşam kalitesini incelemek amacı ile tanımlayıcı bir çalışma olarak gerçekleştirildi. Araştırmanın evrenini bir üniversite hastanesinde altı ay ve daha uzun süre önce hematopoetik kök hücre transplantasyonu olan yetişkin bireyler oluşturdu. Araştırmanın örneklemini olasılıksız örnekleme yöntemlerinden gelişigüzel örnekleme yöntemiyle araştırmaya dahil olan 76 olgu oluşturdu. Veriler; Hasta Bilgi Formu, Sağlıklı Yaşam Biçimi Davranışları Ölçeği –II, SF-36 Yaşam Kalitesi Ölçeği ve FACT-BMT ölçeği ile toplandı. Verilerin değerlendirilmesinde tanımlayıcı istatistiksel analizler, bağımsız gruplar t testi, Mann-Whitney U testi, Kruskal-Wallis testi ve Spearman korelasyon analizi ile gerçekleştirildi. İstatistiksel anlamlılık p<0.05 olarak kabul edildi. Yaş ortalaması 42,99±13,72 yıl olan olguların, %57,9'unu erkeklerin oluşturduğu, %67,1'inin evli olduğu, %44,7'sinin otolog nakil, %51,3'ünün allojenik nakil olduğu, %89,5'inin bir kez hematopoetik kök hücre transplantasyonu olduğu, kök hücre nakli sonrası %40,8'inde komplikasyon geliştiği saptandı. Sağlıklı Yaşam Biçimi Davranışları Ölçeği-II, SF-36 Yaşam Kalitesi Ölçeği Fiziksel, Mental Komponent ve FACT-BMT ölçeği toplam puan ortalamaları sırasıyla 134,34±19,81, 49,54±23,27, 52,95±21,31 ve 98.56±23,02 olarak bulundu. Sağlıklı Yaşam Biçimi Davranışları Ölçeği-II puan ortalamasında eğitim durumu ve radyoterapi tedavisi alma durumuna göre istatistiksel anlamlı farklılık saptandı (P<0,05). SF-36 Fiziksel Komponent puan ortalamasının, çalışma durumu, radyoterapi tedavisi alma, komplikasyon gelişme, taburculuk sonrası tekrar hastaneye yatma durumuna göre istatistiksel anlamlı farklılık gösterdiği belirlendi (p<0,05). SF-36 Mental Komponent puan ortalamasının çalışma ve hematopoetik kök hücre transplantasyonu sonrası aşılarını düzenli yaptırma durumuna göre istatistiksel anlamlı farklılık gösterdiği saptandı (p<0,05). Transplantasyon sonrası komplikasyon gelişme durumuna göre FACT-BMT puanları arasında istatistiksel anlamlı farklılık saptandı (p<0,05). Sağlıklı Yaşam Biçimi Davranışları Ölçeği–II puan ortalaması ile SF-36 Fiziksel Komponent puan ortalaması (r=0,273 p<0,017) ve FACT-BMT toplam puan ortalaması arasında (r= 0,385 p<0.001) zayıf düzeyde anlamlı ilişki saptandı. Araştırmanın sonucunda hematopoetik kök hücre transplantasyonu sonrası geç dönemde olguların sağlıklı yaşam biçimi davranışlarının ve yaşam kalitesinin orta düzeyde olduğu belirlendi. Eğitim düzeyi yüksek olanların ve radyoterapi tedavisi almayanların sağlıklı yaşam biçimi davranışlarının anlamlı olarak daha iyi olduğu saptandı. Çalışan hastaların, radyoterapi tedavisi almayanların, komplikasyon gelişmeyenlerin, taburcu olduktan sonra tekrar hastaneye yatmayanların yaşam kalitesinin fiziksel alanında anlamlı olarak daha iyi olduğu belirlendi. Komplikasyon gelişmeyen ve aşılarını düzenli yaptıran hastaların yaşam kalitesinin mental alanında daha iyi olduğu saptandı. Yaşam kalitesinin fiziksel alanındaki değişimin %7'sinin, kansere özgü yaşam kalitesindeki değişimin %15'inin sağlıklı yaşam biçimi davranışları ile açıklandığı saptandı. Anahtar Kelimeler: Kök Hücre Nakli, Hematopoetik, Yaşam Kalitesi, Sağlığı Geliştirme, Transplantasyon Hemşireliği.
Deneysel psöriazis modelinde bergenin ve mezenkimal kök hücrelerin kombine terapötik etkinliklerinin araştırılması
Psöriazis, keratinosit ve immün hücre etkileşimleri sonucu epidermal hiperplazi ve inflamasyona neden olan kronik inflamatuvar bir otoimmün hastalıktır. Mevcut tedaviler semptomları hafifletse de uzun süreli kullanımda ciddi yan etkilere yol açabilmektedir. NLRP3 inflamazom aktivasyonu ve Nrf2/KEAP1/SIRT1 sinyal bozukluklarının psöriazis şiddetini artırması, yeni anti-inflamatuvar ve immunsüpresör tedavilere olan ihtiyacı doğurmuştur. Sunulan çalışmada, anti-inflamatuvar etkili bergenin (BER) ve immünosüpresif özellikteki mezenkimal kök hücrelerin (MZKH) kombinasyonuyla translasyonel bir tedavi stratejisi hedeflenmiştir. Çalışmada imiquimod (IMQ) ile indüklenen psöriazis fare modelinde, BER ve MZKH'lerin kombine uygulamasının, NLRP3 inflamazomu ile Nrf2/Keap1/SIRT1 ekseni üzerindeki terapötik potansiyelinin aydınlatılması amaçlandı. 48 adet BALB/c fare: Kontrol, Serum Fizyolojik+Vazelin (SF+VAZ), BER, MZKH, IMQ, IMQ+BER, IMQ+MZKH ve Kombine olmak üzere sekiz gruba ayrıldı. Farelerin sırt ve kulak derilerine yedi gün boyunca IMQ uygulamasıyla psöriazis modeli oluşturulduktan sonra psöriazis şiddeti ve yaygınlığı PAŞİ skoruyla, deri ve dalak dokularındaki değişiklikler histopatolojik analizlerle, epidermis/dermisteki hacim yoğunlukları ise stereolojik yöntemlerle belirlendi. İmmünohistokimya ile Ki-67, NLRP3 inflamazom bileşenleri, Nrf2, Keap1 ve SIRT1'in immünoreaktif yoğunlukları ImageJ ile değerlendirildi. Serum örneklerinde TNF-a, IL-1β, IL-17A, IL-6, IL-22 ve IL-23 seviyeleri ELISA ile ölçüldü. Veriler, IMQ grubuna kıyasla BER, MZKH ve kombine tedavilerin; i) PAŞİ skoru ve epidermal kalınlığı azalttığını, ii) hiper/parakeratozis ve Munro mikroapse oluşumlarını hafiflettiğini, iii) dermal immün hücre infiltrasyonunu ve vaskülarizasyonu azalttığını, iv) epidermal/dermal hacim yoğunluğunu düşürdüğünü ve v) dalaktaki splenomegali, ektstrameduller hematopezi ve beyaz pulpa artışını önemli ölçüde azalttığını göstermiştir. BER, MZKH ve kombine uygulamaların Ki-67, NLRP3, ASC, Kaspaz-1, IL-1β ve Nrf2, Keap1'in immünreaktivite yoğunluğu ile psöriazis ile ilişkili sitokin seviyeleri anlamlı derecede azalttığı ve SIRT1 ifade seviyelerini IMQ grubuna kıyasla önemli ölçüde arttırdığı tespit edildi. Sonuçlarımız, BER, MZKH ve kombine tedavilerin; NLRP3 inflamazom aktivasyonunu baskıladığını, KEAP1/NRF2 sinyal yolunu modüle ettiğini ve SIRT1 aktivasyonunu artırarak psöriazis patogenezini hafiflettiğini göstermektedir. Bulgular, BER'in anti-psöriatik etkilerinin, MZKH'lerin immünmodülatör özellikleriyle birleşerek psöriazis tedavisinde potansiyel bir terapötik ajan olabileceğini ortaya koymaktadır. Anahtar Kelimeler: Bergenin, Mezenkimal Kök Hücre, NLRP3 inflamazomu, Nrf2/Keap1/SIRT1 aksı,Psöriazis
Gene expression omnibus (GEO) veribankası kaynakları kullanılarak nöral krest kaynaklı dental kök hücrelerinin, nörojenik rejenerasyon ile ilişkili gen ifade profillerinin karşılaştırılmalı olarak incelenmesi
Merkezi ve periferik sinir sistemi hücre ve dokuların önemli bir kısmı nöral krest kökenlidir ve diş ve çevresinde yer alan nöral krest kökenli mezenkimal kök hücrelerin nörodejeneratif hastalıklara yönelik rejeneratif terapilerde kullanılabileceği düşünülmektedir. Bu araştırmanın amacı, dental ve periodontal alanda yer alan mezenkimal kök hücre tiplerinin nörodejeneratif hastalıkların tedavisinde kullanım potansiyellerinin, moleküler biyoloji düzeyinde biyoinformatik yöntemleri ile değerlendirilmesidir. Bu araştırmada; Gene Expression Omnibus (GEO) veri tabanında yer alan araştırmalardan elde edilen veriler, Transcriptome Analysis Console ve STRING-db yazılımları kullanılarak analiz edildi. Analizlerde, dental kök hücreler, nörojenik farklılaşma kapasiteleri kemik iliği kaynaklı mezenkimal kök hücreler ile karşılaştırıldı. Dental kaynaklı kök hücrelerin, kemik iliği kaynaklı mezenkimal kök hücrelere göre nöronal yapıların gelişimi ve fonksiyonuyla ilgili ifade düzeylerinin daha yüksek olduğu görüldü. Bu etkinliğin, ortaya çıkmasında ASPM, SLİT2, PTN ve SEMA3A gibi genler ve ilişkili oldukları proteinlerin rol oynayabileceği belirlendi. Dental kaynaklı kök hücreler, kendi aralarında değerlendirildiğinde ise benzer profillere sahip oldukları görüldü. Dental pulpa kaynaklı kök hücrelerde daha yüksek düzeyde ifade edilen LRRTM2 ve WFDC-1 genler ve ilişkili proteinlerin özellikle sinaptik iletim ile ilgili biyolojik süreçler yer aldığı görüldü. Dental kaynaklı kök hücreler, köken aldıkları nöral krest hücreleri ile kıyaslandığında incelenen 40 binden fazla genden sadece %30'unun benzer düzeyde ifade edildiği görüldü. Sonuç olarak; transkriptom verilerine göre dental kaynaklı kök hücrelerin gen ifade profilleri açısından, kemik iliği kaynaklı mezenkimal hücrelere göre nöronal yapılara yönelik rejeneratif tedaviler için daha uygun oldukları görülmektedir. Anahtar Kelimeler: Dentak kaynaklı kök hücreler, nöral krest hücreleri, nörodejeneratif hastalıklar, dental pulpa kaynaklı kök hücreler, transkriptom
Baş boyun kanserli hastaların tükürük örneklerinden izole edilen eksozom ve bakterilerin, sağlıklı kemik iliği mezenkimal kök hücreler üzerine etkilerinin değerlendirilmesi
Baş ve boyun kanserlerinin gelişiminde tümör mikroçevresinde yer alan, hücreler arası ve çevre sağlıklı dokular ile etkileşimden sorumlu olan komponentler son yıllarda dikkat çeken bir konu haline gelmiştir. Bu tez çalışmasının amacı, skuamoz hücreli baş ve boyun kanserlerinde tükürükten izole edilen eksozomların ve spesifik bakteri türünün (Streptococcus (S.) mitis) kanserleşmedeki etkisinin, sağlıklı kemik iliği mezenkimal kök hücreler (MKH) üzerinden değerlendirilmesidir. Bu tez çalışması kapsamında baş ve boyun kanseri hastalarının tükürük örneklerinden eksozom izolasyonu yapılarak, akım sitometri, ELISA ve geçirimli elektron mikroskopu ile karakterizasyon yapıldı. Aynı zamanda bu klinik örneklerden S. mitis izolasyonu da yapılarak, polimeraz zincir reaksiyonu, optokin duyarlılık testi ve katalaz testi ile karakterizasyon analizleri gerçekleştirildi. Sağlıklı kemik iliği mezenkimal kök hücreler ile ko-kültür çalışmaları yapılarak mezenkimal-epitelyal geçiş ile ilşkilendirilen sitokin/kemokin/büyüme faktörlerinin ekspresyonları sitokin array ile, CD44 ve integrin alfa 6 ekspresyonları akım sitometri ile, vimentin ekspresyonları ise immünfloresan inceleme ile değerlendirildi. Elde edilen veriler sonucunda; vimentin, integrin alfa 6 ve CD44 ekspresyonlarının tüm gruplarda görüldüğü ancak S. mitis / MKH ko-kültür grubunda diğer gruplara göre farklılık gösterdiği saptandı. Ko-kültür ortamlarındaki sitokin/kemokin/büyüme faktörleri değerlendirildiğinde bakteriyel floranın eksozomlara eklenmesinin mezenkimal-epitelyal geçişi desteklediği görüldü. Bu tez çalışması, hedeflenen amaç doğrultusunda baş ve boyun kanserli hastalardan izole edilen eksozom ve bakterilerin, ko-kültür çalışmalarıyla mezenkimal-epitelyal geçişte etkilerini değerlendiren ve klinik uygulamalar açısından önemini ortaya koyan ilk çalışmadır.
Sağlıklı insan uyarılmış pluripotent kök hücrelerinden (uPKH'lerden) NGN2, LHX3 ve ISL1 üçlü kasedi kullanarak motor nöron eldesi
Nörodejeneratif hastalıklar bireylerin yaşam standartını düşüren, önemli fonskiyonel kayıplara yol açan, ilerleyici ve ölümcül hastalıklardır. Amyotropik lateral skleroz (ALS) hastalığı motor nöron dejenerasyonunun yol açtığı bir hastalıktır ve alt-üst motor nöronları etkilemektedir. ALS hastalığında Superoxide dismutaz (SOD1) genin yanı sıra yaklaşık 40 gen mutasyonunun da bu hastalıkta etkin olduğu görülmüştür. Spinal müsküler atrofi (SMA), SMN1 ve SMN2 genlerindeki mutasyonlar sonucu ortaya çıkan kalıtsal bir hastalıktır. SMA hastalığı motor nöronları etkileyerek kas distrofisine sebep olur. Bireyin merkezi, periferik ve iskelet kas sisteminin kontrollü kas hareketlerini etkiler ve giderek artan güçsüzlük, kas kütlesi kaybı semptomları ile karakterizedir. Nörodejeneratif hastalıkları çalışabilmek için çeşitli yöntemler kullanılmakta fakat insan uyarılmış pluripotent kök hücreler (uPKH'ler) insan hastalıklarının seyrini anlayabilmek ve kişisel tedavi yöntemlerini geliştirmek için güçlü bir alternatif oluşturmaktadır. Bu tez çalışmasında sağlıklı insan uPKH'lerinden Neurogenin 2 (NGN2), Islet 1 (ISL1), LIM homeobox 3 (LHX3) üçlü piggyBac plasmid kaseti kullanılarak motor nöron elde edilmiştir. uPKH'lere piggyBac üçlü kaseti lipid-aracılı transfeksiyon yöntemi ile transfekte edilmiş ve stabil transfekte olan hücreler puromisin seleksiyonu ile seçilmiştir. Doksisiklin ile uyarılan hücrelerde transkripsiyon faktörlerinin aşırı ifadesi sağlanarak uPKH'lerin nöral soya geçişi sağlanmıştır. Elde edilen motor nöronların karakterizasyonu nöronal gen ifadelerine bakılarak ve nöronal belirteçlerle immün floresan boyanarak yapılmıştır. İleride çeşitli ilaç denemelerinin yapılacağı motor nöron hastalıklarını modellemek için kullanılacak bu yöntem ile ön veri sağlanmış ve yöntem optimize edilmiştir.
Sağlıklı insan uyarılmış pluripotent kök hücrelerinden kortikal nöron elde edilmesi
Uyarılmış pluripotent kök hücreler kişiye özel tedavi olanağı sağlaması, hastalık modelleme ve ilaç denemeleri açısından benzersiz bir kaynaktır. Hastandan alınan kan veya fibroblast hücrelerinden çeşitli transkripsiyon faktörleriyle veya küçük moleküllerle hedef doku ve organ oluşumu sağlanabilir. Böbrek, kalp, karaciğer, beyin vb. doku ve organlara farklılaştırma imkânı bulunmaktadır. Bunların arasında en ilgi çekici olanı şüphesiz beyindir. Diğer doku ve/veya organların aksine biyopsi imkanının olmaması nedeniyle çalışılması zor bir bölgedir. Hastadan alınan kan ve/veya fibroblast örneğine Yamanaka faktörlerinin transferi ile pluripotentlik özellik kazandırılmasının ardından uygun farklılaşma protokolleri ile sinir hücrelerine veya organoide farklılaşma sağlanabilir. Bu tez çalışmasının amacı sağlıklı insan uyarılmış pluripotent kök hücrelerinden (uPKH) altı adet küçük molekül kullanarak 12-15 gün içerisinde kortikal nöron eldesini sağlamaktır. Bu kapsamda karakterizasyonu tamamlanmış olan sağlıklı insan uPKH'leri kültürde çoğaltılmıştır. Pluipotentsi belirteçlerini koruduğu kontrol etmek amacıyla qPCR ve immun floresan boyamalar ile teyit edilmiştir. Nöronal yönde farklılaşma deneyleri için hücrelere altı küçük molekülden oluşan kokteyller her gün farklı dozlarda uygulanmıştır. Hücrelerin morfolojik durumu her gün ışık mikroskobu altında izlenmiştir. Protokolün sonunda hücrelerden RNA toplanmış ve immun floresan boyamalar yapılmıştır. Yapılan qPCR deneylerinin sonucunda pozitif kontrole göre elde edilen hücrelerde kortikal nöron belirteçlerinden DCX , FOXG1 ve REELİN ifadelerinde anlamlı bir artış gözlenmiştir. İmmun floresans boyamalarda nöron belirteçleri olan MAP2 ve TUJ1 pozitif hücreler gözlemlenmiştir.
APC mutant fare intestinal organoidlerinde WNT yolak modülasyonunun kök hücreler üzerine etkilerinin araştırılması
Kolorektal kanser (KRK) gelişiminin en önemli nedenlerinden bir tanesi WNT sinyal yolağında rol alan genlerin mutasyonlarıdır. Vakaların büyük çoğunluğunda WNT sinyal yolağı yıkım kompleksinde negatif düzenleyici olarak görev almakta olan APC tümör baskılayıcı gen mutasyonlarına rastlanmaktadır. Çok hızlı bir çoğalma ve yenilenme sürecine sahip olan intestinal epitel hücrelerde WNT sinyal yolağı yüksek aktivite göstererek intestinal kök hücrelerin ve doku homeostazının düzenlenmesinde aktif görev almaktadır. APC genine ait mutasyonların çoğunluğu yıkım kompleksinin bir diğer elemanı olan AXIN bağlanma bölgesinde gerçekleşmektedir. Yıkım kompleksi elemanlarında oluşan çeşitli mutasyonlar nedeniyle görevini tam olarak yerine getirememektedir. Β-catenin proteini yıkım kompleksi tarafından sitoplazmik bölgede proteozomal degradasyona uğrayamadığında çekirdeğe translokasyonu gerçekleşmekte ve böylece TCF/LEF transkripsiyon faktörünün düzenlenmesinde görev aldığı WNT hedef genlerinin transkripsiyonel aktivitesini arttırmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında laboratuvarıma özgü mutant ApcΔ750 fare ince bağırsak dokularından üretilen olan intestinal organoidlerde WNT ilişkili genlerden Ctnnb1, Axin2 ve Lgr5 RNA düzeyinde incelenmiştir. Analizlerin sonucunda bu genlerin ifadelerinin ApcΔ750 intestinal organoidlerde yüksek olduğu ispatlanmıştır. Tez çalışmasının birincil amacı olarak, anti-kanser etkisi olduğu bilinen XAV939 ve Niklozamit ilaçlarının ApcΔ750 organoidlere uygulandığında Ctnnb1, Axin2 ve Lgr5 gen ifadelerinin RNA düzeyinde azaldığı gösterilmiştir. Ayrıca immünfloresan boyama tekniği uygulanarak kript ve villus domeynlerindeki Ctnnb1 protein seviyesi incelenmiştir. Böylece XAV939 ve Niklozamitin KRK oluşumu öncülü organoidlerdeki Wnt sinyal yolağını inhibe ettiği ve bununla ilişkili olarak İKH aktivasyonunu baskıladığı gözlenmiştir. Çalışmanın ikincil bir amacı ise laboratuvarımızda üretilen ApcΔ750 fare modelinin in vitro çalışmalarda da başarı sağladığını gösterebilmektir.
Poli(3-hidroksi bütirat)/poli(bütilen adipat-ko-tereftalat)/ipek- bazlı tendon doku iskeleleri: Karakterizasyon ve tenojenik aktivite
Tendonlarda, mekanik stres birikimi, yaşlanma, genetik yatkınlık ve travma gibi etkenler sonucunda oluşan inflamasyon ve lezyonlara bağlı olarak tendon rüptürleri (kopma) sıklıkla görülmektedir. Tendon dokusunun düşük miktarlarda hücre içermesi, zayıf vaskülarizasyon ve düşük yenilenme potansiyeli nedeniyle hasarlı bölgede sağlıklı rejenerasyon gerçekleşmesi için tendon doku mühendisliği yaklaşımlarına ihtiyaç duyulmaktadır. Sunulan tez çalışmasında tendon rejenerasyonunda yama olarak kullanılabilecek ipek fibroin/poli(3-hidroksibütirat) (SF/P3HB) ve ipek fibroin/poli(bütilen adipat-ko-tereftalat) (SF/PBAT) hizalı nanofibröz matrikslerin geliştirilmesi ve bu matrikslerde sıçan adipoz kökenli mezenkimal kök hücreler (rAdMSC), büyüme faktörü ve dinamik kültür koşulları varlığında in vitro tenojenik aktivitenin belirlenmesi hedeflenmiştir. Tez çalışmasının ilk aşamasında klasik elektroeğirme yöntemi kullanılarak SF/P3HB ve SF/PBAT nanofiberlerin üretimi gerçekleştirilmiştir. Her 2 malzeme için de optimum elektroeğirme koşulları "response surface methodology" (RSM) yaklaşımı ile belirlenmiş ve hedeflenen şekilde hizalı ve ortalama 700 nm çap değerine sahip SF/P3HB ve SF/PBAT nanofibröz matriksler elde edilmiştir. İkinci aşamada ise, hizalı nanofibröz matrikslere uygulanan stabilizasyon işlemi sonrası ipek fibroine ait α-heliks yapısının β-tabaka yapısına geçişinin indüklendiği ve her iki nanofibröz matriksin mekanik dayanım açısından tendon dokuda kullanıma uygun olduğu, ancak SF/PBAT nanofibröz matriksin tendon dokuya benzerlik açısından daha üstün mekanik özellikler sergilediği belirlenmiştir. Stabilizasyon ve sterilizasyon işlemlerinin matrikslerin yüzey ıslatılabilirlik ve kristalinite özelliklerini etkilemediği, ancak otoklavda sterilizasyonu yapılan SF/P3HB nanofibröz matrikslerde hücre canlılığının etilen oksit yöntemine göre daha yüksek olduğu bulunmuştur. SF/PBAT nanofibröz matrikslerin ise ısıl işlemler için uygun olmadıkları belirlenmiştir. Ayrıca, SF/P3HB nanofibröz matrikslerin bakteriyostatik etkiye sahip olduğu bulunmuştur. Tez çalışmasının üçüncü aşamasında, hizalı SF/P3HB ve SF/PBAT nanofibröz matrikslerde rAdMSC'ler ile büyüme/farklılaşma faktörü-5 (GDF-5) varlığında/yokluğunda 21 günlük statik kültür çalışması yapılmış ve tenojenik farklılaşma karşılaştırmalı olarak incelenmiştir. Hücrelerin kültür boyunca yüksek canlılıkta olduğu ve hizalanmaya uygun olarak matriksler üzerinde organize olduğu görülmüştür. Kültür sonunda bozunmaya bağlı olarak her iki doku iskelesinde de mekanik özelliklerde azalma tespit edilmiştir. SF/PBAT doku iskeleleri üzerinde kültüre edilen rAdMSC hücrelerinin SF/P3HB'e oranla daha yüksek COL1A1, COL3A1, SCX, TNC ve düşük PPAR gen ifadeleri nedeniyle tenojenik aktivite açısından daha uygun oldukları belirlenmiştir. Ayrıca, GDF-5 büyüme faktörü, gen ifadelerinde artışa yol açarak hücre iskeletinin düzenlenmesini ve farklılaşmayı indüklemiştir. Hizalı topografya rAdMSC hücrelerinin tenojenik farklılaşmasında oldukça etkin olmasına rağmen gen ekspresyonları açısından yeterli bulunmamıştır. Mekanik uyarım biyoreaktöründe yapılan çalışmalarda SF/P3HB doku iskelelerinin dinamik kültür çalışmaları için yeterli mekanik özelliklere sahip olmadığı belirlenmiştir. Tez çalışması sonunda, hizalı SF/PBAT nanofibröz matrikslerin tenojenik aktivite açısından SF/P3HB nanofibröz matrikslere göre daha üstün özellikler gösterdiği ve tendon rejenerasyonunda yama materyali olarak kullanılabileceği sonucuna varılmıştır.
Allojenik mezenkimal kök hücre eksozomlarının üç boyutlu mikroakışkan proksimal tübül platformundaki iskemik akut böbrek hasarında terapötik etkilerinin değerlendirilmesi
Sefa Burak Çam, Allojenik Mezenkimal Kök Hücre Eksozomlarının Üç Boyutlu Mikroakışkan Proksimal Tübül Platformundaki İskemik Akut Böbrek Hasarında Terapötik Etkilerinin Değerlendirilmesi, Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Histoloji ve Embriyoloji Tıpta Uzmanlık Tezi, Ankara, 2022. Yüksek kronikleşme riski ve mortaliteli iskemik akut böbrek hasarında (ABH) hücresel tedavilerin kliniğe aktarılabilmesi için gerçek zamanlı kişiselleştirilmiş modeller gerekmektedir. İnsan kemik iliği mezenkimal kök hücre (Kİ-MKH) eksozomlarının hipoksik proksimal tübül epiteli (PTE) hasarındaki terapötik etkinliği üç boyutlu (3B) dinamik mikroakışkan platformunda ortaya konabilir. Akut hipoksik mikroakışkan düzeneğindeki insan PTE hücrelerinde, ZO-1 ve asetillenmiş α-tübülin immünreaktivitesi, dekstran geçirgenliği, proliferasyon hızı, BNIP3, HO-1, HIF1α, GLUT1 ve GLUT2 gen ifadesi ölçülmüş; proliferatif tedavi penceresi belirlenen insan Kİ-MKH eksozomlarının ED50'de hipoksik hasardaki etkinliği 3B mikroakışkan platformuna uygulanarak değerlendirilmiştir. Mikroakışkan yongası akut hipoksiye bağlı PTE hasarı için optimize edilmiş; karakterize allojenik Kİ-MKH eksozomlarının gerçek zamanlı tedavi penceresi 172.582 µg/ml ve 0-26 saat olarak belirlenmiş; eksozomlar ED50'de mikroakışkan yongasında 24. saatte akut hipokside bozulan bariyer bütünlüğünü düzeltmiş, ZO-1 işaretlenmesini arttırmış, PTE hücrelerini çoğaltmış, BNIP3 ifadesini azaltmış; HO-1, HIF1α, GLUT1 ve GLUT2 ifadelerini artırmıştır. Tez kapsamında optimize edilen hipoksik 3B mikroakışkan PTE platformunda allojenik Kİ-MKH eksozomlarının tedavi penceresindeki etkinliği yapı ve işlev açısından ortaya konmuştur. Yeni ex vivo sistem, nefroloji kliniğinde uygulanacak kişiselleştirilmiş teragnostik adayları doğruladığı için önemlidir.
Nörofibromatozis tip 1(NF1) kaynaklı mezenkimal stromal hücrelerin detaylı karakterizasyonu
Nörofibromatozis Tip 1 (NF1) genetik hastalıklar içinde sık rastlanan, Nörofibromin (NF1 geni) tümör süpresör geninde mutasyon sonucu ortaya çıkan ve otozomal dominant olarak kalıtılan bir hastalıktır. Gen ürünü olan nörofibromin'in eksikliği sinir sistemi gelişiminde aksamaya, hücre içi mitojenik sinyallerde ve beraberinde hücre proliferasyonu ve farklılaşmasında değişikliklere sebep olur. Bunun sonucunda neoplazm gelişimine yatkınlık oluşur. En sık görülen tümörler, nörofibromlar, Schwann hücrelerinden gelişen, içlerinde fibroblastlar, zengin damar yapıları ve mast hücreleri bulunduran kompleks tümörlerdir. Deri ve derialtı nörofibromlarının, ayrıca pleksiform nörofibrom adı verilen, büyüklük ve yerlerine göre belirgin görüntü ve işlev sorunlarına yol açabilen, malign karakter de kazanabilen tipleri vardır. NF1 hastalarında sık rastlanan diğer klinik bulgular arasında kemik defektleri, kanamaya yatkınlık, yara iyileşmesinde gecikme ve hematolojik maligniteye yatkınlık yer almaktadır. Bu çalışmada NF1'in klinik bulgularının ortaya çıkmasında veya seyrinde mikroçevre elemanları olarak mezenkimal kök/stromal hücrelerin(MSH)/fibroblastların katkısının araştırılması amaçlanmıştır. Stromal karakterde destek hücreleri olan MSH/Fibroblastlar çeşitli büyüme faktörleri, sitokin, kemokinler salgılayarak indirekt veya diğer hücrelerle (örn. tümör hücresi, endotel, epitel) direkt ilişkileri yoluyla hücrelerin proliferasyon, apoptosis, migrasyon gibi biyolojik davranışlarını etkilemektedirler. NF1 hastalarının MSH/Fibroblastları da taşıdıkları mutasyondan dolayı farklılaşma ve yaşam süresi bakımından normal bireylerinkilerden farklı olabilirler. Bu çalışmada NF1'de mezoderm kökenli bu hücrelerin mikroçevre ve NF1 patogenezi üzerine etkilerinin incelenmesi amacı ile hasta ve sağlıklı bireylerin dokularından elde edilen MSH/Fibroblastların ayrıntılı karakterizasyonu ile adipojenik ve osteojenik farklılaşma potansiyelleri incelenmiş, hastaların dermal, pleksiform nörofibrom dokuları ve/veya cafe au lait veya sağlıklı cilt bölgesinden MSH/Fibroblastların karakterizasyonları, yara iyileşmesindeki (scratch assay) farklılıkları ve ayrıca Schwann hücreleri ile etkileşimlerinin araştırılmasına yönelik çalışmalar yapılmıştır.
Sinoviyum ve yağ dokusudan elde edilen allojenik mezenkimal kök hücrelerin normal ve osteoartritli kondrosit hücre hatları üzerine olan etki ve etki mekanizmasının in vitro ortamda incelenmesi
Osteoartrit (OA) yavaş gelişen, ilerleyici eklem ağrısı ve hareket kısıtlılığı ile karakterize, ek morbiditelere neden olabilen kronik bir hastalıktır. OA tedavisinde kullanılan çeşitli tedavi seçenekleri, fizik tedavi yöntemleri, rehabilitasyon egzersizleri, basit analjezikler, nonsteroid anti-inflamatuvar ilaçlar, intraartiküler kortikosteroid, trombositten zengin plazma (TZP) ve hyaluronik asit enjeksiyonları ve çeşitli cerrahi yöntemlerdir. Son yıllardaki güncel bir diğer tedavi seçeneği ise mezenkimal kök hücre (MKH) uygulamalarıdır. OA tedavisinde MKH uygulamalarının etkisini ve bu etkiyi hangi yollarla gerçekleştirdiğini göstermek ve farklı dokulardan elde dilen MKH'lerin etkilerini karılaştırmak adına OA'lı kondrositler ile üç sağlıklı bireyden elde edilmiş patella altı (P) ve cilt altı (C) yağ dokusu ve sinoviyum (S) kökenli MKH'ler birlikte kültüre edildi. 7. ve 14. günlerde ko-kültür süpernatanları analiz için toplandı. ELISA yöntemi ile OA'lı kondrositlerde P ve S kaynaklı MKH'ler ile birlikte kültüre edilince 14. günde TNFα konsantrasyonunda azalma (sırası ile 156,6±79, 42,1±6 ve 35,5±3 pg/ml, p=0,036) aynı gruplarda MMP3 düzeyinde 7 günde (sırası ile 87,4±43,7, 23±8,9 ve 14,7±3,3 pg/ml, p=0,043) ve 14. günde (sırası ile 29,1±11,2, 28,3±18,5 ve 20,3±16,2 pg/ml, p=0,043) azalma gözlendi. MKH'lerin kontrole göre COMP konsantrasyonlarında neden oldukları değişim istatistiksel olarak anlamlı değildi. Metabolom analizinde gruplar arasında 1,5 kattan fazla değişiklik gösteren ve değişimi istatistiksel olarak anlamlı (p<0,05) olan metabolitler tespit edildi. Sonuç olarak, farklı dokulardan elde edilen MKH'ler arasında OA'lı kondrositlere etkileri açısından farklılıklar tespit edilmesine rağmen, tüm gruplarda anti-inflamatuvar, yıkımı inhibe edici ve sentezi uyaran yönde bir etki gözlemlendi.
Kemik iliği yağ tabakasından elde edilen mezenkimal kök hücrelerin karakterizasyonu ve subkutan yağ ve kemik iliği kökenli mezenkimal kök hücreleri ile karşılaştırılması
Tonyalı G., Kemik İliği Yağ Tabakasından Elde Edilen Mezenkimal Kök Hücrelerin Karakterizasyonu ve Subkutan Yağ ve Kemik İliği Kökenli Mezenkimal Kök Hücreleri İle Karşılaştırılması. Hacettepe Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Kök Hücre Programı Yüksek Lisans Tezi, Ankara, 2020. Kemik iliği yağ dokusu (KİY) diğer adipoz dokulardan farklı özelliklere sahiptir. Son yıllarda yapılan çalışmalarla kemik iliği yağ dokusunun akut myeloblastik lösemi (AML) gelişimi/progresyonu üzerine etkileri gösterilmiş, farklı tip kanserlerde de kemik metastazlarına katkıları bildirilmiştir. Bu tez çalışmasında, sağlıklı donörlerin ve lösemiye yatkınlık oluşturduğu bilinen Fankoni anemili hastaların KİY tabakasından elde edilen mezenkimal kök hücrelerin (MKH) karakterizasyonu yapılmış, in vitro adipojenik uyarıya cevapları incelenmiş ve standart yöntemle Kİ mononükleer hücrelerinden elde edilen Kİ-MKH'ler ve subkutan yağ dokusundan (SKY) geliştirilen MKH'ler ile karşılaştırılmıştır. Bunun yanında, lösemik hücre ile Kİ mikroçevre etkileşiminde ve lösemi patogenezinde rolü olabileceği ileri sürülen moleküllerden galektin-3, FABP-4, Leptin-R, PDGFR-α ifadeleri de incelenmiştir. Literatürde KİY dokusu ile yapılan çalışmalardan farklı yöntemle KİY tabakasının kültürü ile elde edilen MKH'lerin, Kİ-MKH ve SKY-MKH'lerinden farklı özelliklere sahip olduğu, adipojenik gen ifadeleri ve cevap oluşma sürelerinde farklılıklar bulunduğu, adipojenik uyarım altında moleküler değişimlerin farklılık gösterdiği, FA hastası MKH'lerinin adiposit farklılaşma cevaplarının da sağlıklı Kİ-MKH ve KİY-MKH'lerinden farklılık gösterdiği saptanmış, bu durumun FA hastalarında Kİ'de adipojenik disregülasyonuna işaret edebileceği düşünülmüştür. Ayrıca AML (HL-60) hücreleri ile ko-kültür ortamında meydana gelen fenotipik değişiklikler araştırılmış, ön veriler elde edilmiş, ileri araştırmaların yapılması hedeflenmiştir.
Yaşlanmanın ve inflamasyonun dental pulpa kök hücrelerinin kök hücre özgüllüğü üzerine etkisi
Bu çalışmanın amacı sağlıklı, geri dönüşümlü pulpitisli ile geri dönüşümsüz pulpitisli genç ve yaşlı bireylere ait diş pulpasında mezenkimal kök hücre varlığı, sayısı ve proliferasyon kapasitesinin incelenmesidir. Bu çalışmada, sağlıklı diş pulpaları çekilen yirmi yaş dişlerinden, inflame diş pulpaları da kök kanal tedavisi sırasında uzaklaştırılan pulpalardan elde edildi. Çalışma grupları: Genç sağlıklı pulpa dokuları(n=2), genç geri dönüşümlü pulpitisli pulpa dokuları(n=2), genç geri dönüşümsüz pulpitisli pulpa dokuları(n=2), yaşlı sağlıklı pulpa dokusu(n=1), yaşlı geri dönüşümlü pulpa dokusu(n=1). Elde edilen pulpalardan primer hücre kültürü hazırlandı. Çoğalan fibroblast hücrelerinin mezenkimal kök hücre özgüllüğü akış sitometri yöntemi ve immünofloresan boyama yöntemi ile incelendi. Elde edilen kök hücrelerin proliferasyon potansiyeli lateral proliferasyon yöntemi ile incelendi. Yaşlı sağlıklı pulpadan elde edilen kök hücreler genç sağlıklı pulpadan elde edilenlere gore daha yavaş prolifere olurken, genç geri dönüşümlü pulpitisli kök hücreleri, genç sağlıklı pulpa kök hücrelerine göre daha hızlı prolifere oldu. İmmünhistokimyasal işaretleme yöntemine göre tüm örneklerin hücre stoplazmalarında pozitif mezenkimal kök hücre yüzey belirteçleri olarak CD73, CD90 ve CD105 antikorlarının yaygın olarak işaretlendiği, negatif yüzey belirteci olarak da CD34 ve CD45 in hiç işaretlenmediği gözlendi. Akış sitometri sonuçlarına göre, gruplar arasında fark olmaksızın tüm grupların mezenkimal kök hücre özgüllüğü %98-%100 arasında bulundu. Sonuç olarak inflamasyon ve yaşa bağlı olarak dental pulpanın mezenkimal kök hücre özgüllüğü değişmezken, proliferasyon kapasitesinde yaşa bağlı azalma gözlendi.