Kısa biyodizilimlerin sınıflandırılması

Dizilim sınıflandırma biyobili?imin en temel problemlerinden bir tanesidir. Ne olduğu bilinmeyen bir moleküler birimi sadece bu birimin dizilim verisi kullanılarak, daha önceden bilinen bir sınıfa atamak için birçok araç ortaya çıkmıştır. Fakatçıkan bu araçların hepsi ilgili olduğu problemler e özeldir. Ayrıca bu araçlar problemin ait olduğu biyolojik dizilim alfabesine bağlıdır. Bu tezde alfabeden bağımsız yeni bir genel dizilim sınıflandırıcı (TRAINER) java programla dili kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Bu araç ile kullanıcılar kendi eğitim veri setleri ve kendi dizilim alfabeleri ile dizilim sınıflandırması yapabilecektir. TRAINER kullanıcıların sistemde tanımlı öğreticiyle (supervised) öğrenme yöntemlerinden istediğini, yöntemin parametrelerini ve önceden tanımlı çeşitli özellik belirtme kalıplarından birini seçerek kullanmasını sağlar. Sistemde eğitilmiş modellerkullanıcının isteğine bağlı olarak sisteme ileride tekrar eğitilmeden kullanılmak üzere kayıt edilebilir. Aday efektör tahmini, mikroRNA hedef tahmini ve nükleolar konumlanma sinyal tahmini çalı?maları ile sistemin DNA, RNA ve proteindizilimleri için verimli bir ?ekilde çalıştığı gösterilmi?tir. Ortaya çıkan sonuçların biyolojik manaları tezde tartışılmıştır.