Investigation of the effects of long non-coding RNAs under drought stress on tomato (Solanum lycopersicum)

Uzun kodlamayan RNA'lar (lncRNA'lar), bitki gelişimi, büyüme ve kuraklık gibi çevresel streslere yanıt verme gibi biyolojik işlevlerin gerçekleştirilmesinde önemli bir rol oynar. Domates bitkisi ekonomik olarak önemlidir ve A ve C vitaminleri bakımından zengindir. Dünyada yaygın olarak tüketilen domates (Solanum Lycopersicum), stres mekanizmalarını anlamak için iyi bir organizmadır. Genomu tamamen dizilenmiştir ve hem büyüme hem de meyve üretimi açısından fizyolojik olarak iyi karakterize edilmiş bir bitkidir. Bununla birlikte, meyve olgunlaşma sırasında lncRNA'larla ilgili çalışmalar yapılmış olmasına rağmen, büyüme ve stres koşulları sırasında protein kodlamayan RNA'lar hakkında çok az şey bilinmektedir. Bu araştırma, domates bitkisine kuraklık stresi uygulamasından sonra NGS yöntemiyle analiz için tüm transkriptomu dizileyerek uzun kodlamayan RNA'ları belirlemeyi amaçlamaktadır. Bu araştırmada Falcon ve SC2121 domates türleri seçilmiştir.. Bu çalışmada lncRNA'ların kuraklık stresi altındaki etkileri moleküler ve fizyolojik deneyler uygulanarak değerlendirilmiştir. Kuraklık stresinin iki farklı domates çeşidi üzerindeki etkilerini belirlemek için sürgün, kök uzunlukları, su içeriği, çözünür protein içeriği ve malondialdehit analizleri ölçülmüştür. Kuraklığın neden olduğu lncRNA'ların işlevi, karşılaştırmalı transkriptomik analizlerle tanımlandı ve ardından varsayılan kuraklık stresinin neden olduğu lncRNA'ların işlevlerinin rolleri, genom çapında seviyelerde analiz edildi. Yüksek verimli NG dizilemesi ile Falcon ve SC2121 türlerinde, 269 varsayılan lncRNA tanımlandı. Bunlardan, 124 yukarı ve 145 aşağı regüle lncRNA tespit edildi. Elde edilen veriler sonucunda kuraklık stresine tepki mekanizmasını etkileyen lncRNA'lar belirlenmiş olup, ürün verimini arttırmak için yeni yöntemler oluşturulacaktır. Bu çalışmadan elde edilen bilgiler, lncRNA'ların kuraklık stresindeki rollerini anlamamıza ve gelecekte toleranslı sebzelerin yetiştirilmesinde yardımcı olabilir.