LISA: Yapısal hizalamanın hızlanması için hızlı bir filtreleme algoritmasi

Protein - Protein Etkileşimleri (PPE), bir hücrenin büyümesi, bölünmesi veya bakımı gibi hayati süreçlere neden olmaktadır. Herhangi bir hücrenin kendisi ve diğerleri ile işleyişini anlamak için önemli bir konudur. Farklı yapıların özelliklerini araştırmak için en güvenilir teknikler deneysel metotlar olsa da, sayısal yöntemler ihmal edilebilir hata ile çok daha hızlıdır.Bununla birlikte, daha doğru sonuçların daha hızlı elde edilmesi için PPE tahminlerinin iyileştirilmesi gerekmektedir. Bu tezde, PPE yapılarının tahmin hızını artırmak için iki aşamalı bir karma fonksiyonu algoritması sunulmaktadır.Birinci bölümde, çok sayıda arayüz; bağ açıları, dihedral açılar ve Karbon Alfa (CA) atomları arasındaki mesafeler gibi farklı özelliklerine göre sınıflandırılmaktadır. Seçilmiş iki CA atomunun 4 $\AA$ ile 13 $\AA$ arasındaki mesafeye sahip ardışık olmayan her amino asit için, bu CA atomları ve onların komşu CA atomları ile gerekli açıları ve mesafeleri hesaplanır. Daha sonra, bir hash tablosu kullanarak algoritmanın ilk aşamasında benzer özelliklere sahip amino asit dörtlüleri özelliklerine ve arayüzlerine göre sınıflandırılır. İkinci aşamada, arayüzler için hesaplanan aynı özellikler kullanılarak belirli bir protein ile karşılaştırılır ve benzerliklerine göre puanlanır. Bu algoritma, Arayüz-Bazlı PPE tahminleme algoritmalarında seçilecek arayüzler arasından alakasız seçenekleri filtrelemek ve olası adayları sınırlandırmak için geliştirilmiştir. Protein yerleştirme algoritmalarında girdi olarak kullanılacak arayüzleri bir veri setinden seçmek için kullanılacak yapısal hizalama algoritmasının çalışma süresini veri setini filtreleyip küçülterek azaltmak için kullanışlıdır.